Tofauti kuu kati ya CDS na ORF ni kwamba CDS ni ule mfuatano halisi wa nyukleotidi wa jeni ambao hutafsiri kuwa protini wakati ORF ni safu ya mfuatano wa DNA ambayo huanza na tovuti ya uanzilishi wa tafsiri (kuanza kodoni) na kuishia na tovuti ya kukomesha tafsiri (komesha kodoni).
Jini ina mfuatano wa usimbaji (CDS). Inajumuisha exons jumla ya jeni na kodoni ya kuanza na kodoni ya kuacha. Ni sehemu halisi ya jeni ambayo hutafsiri na kutoa protini. Fremu ya kusoma wazi au ORF ni mlolongo wa nyukleotidi ulio kati ya kodoni ya kuanza na kodoni ya kuacha. Hakuna kodoni ya kusimama ndani ya ORF inayokatiza msimbo wa kijeni ambao hutafsiri kuwa protini. Katika prokariyoti, CDS na ORF ya jeni ni sawa.
CDS ni nini?
CDS au mfuatano wa usimbaji ni sehemu ya jeni ambayo kwa hakika hutafsiri kuwa protini. Inajumuisha exoni na kodoni mbili zinazojulikana kama AUG kodoni na kodoni ya kusimamisha. CDS haina sehemu mbili Zisizotafsiriwa: 5’ UTR na 3” UTR. Zaidi ya hayo, watangulizi hawajajumuishwa kwenye CDS.
Kielelezo 01: Mfuatano wa Usimbaji
Ikilinganishwa na jenomu nzima ya mtu binafsi, mfuatano wa usimbaji ni sehemu ndogo. Mfuatano wa usimbaji hujumuisha mfuatano muhimu wa nyukleotidi ili kufanya mfuatano wa amino asidi ya protini. Kwa hiyo, CDS ni exons iliyokolea ambayo inaweza kugawanywa katika nucleotide triplets au kodoni. Kodoni huzalisha asidi ya amino.
ORF ni nini?
Fremu ya kusoma wazi au ORF ni safu inayoendelea ya mfuatano wa nyukleotidi ambayo huanza na kodoni ya kuanzia na kuishia na kodoni ya kusimama. Kwa maneno rahisi, ORF inarejelea eneo la mfuatano wa nyukleotidi ulio kati ya kodoni za kuanza na kusimamisha. Katikati, hakuna kodoni ya kusitisha kukatiza ORF. Mfuatano wa nyukleotidi kati ya kodoni ya kuanza na kusimamisha kwa asidi ya amino. Kwa ujumla, kodoni ya kuanza ni ATG huku kodoni za kusimamisha ni TAG, TAA, na TGA. ORF inatoa protini inayofanya kazi inaponakiliwa na kutafsiriwa. Kwa hivyo, ORF inajumuisha kodoni ya kuanza, kodoni kadhaa katika eneo la kati na kodoni ya kuacha. Inafurahisha, ORF ina urefu ambao unaweza kugawanywa na tatu.
Kielelezo 02: Fungua Mfumo wa Kusoma
Katika prokariyoti, kwa kuwa hakuna introni, ORF ni mfuatano wa usimbaji wa jeni ambayo hunukuu moja kwa moja hadi mRNA. Kwa hiyo, CDS na PRF ni sawa katika prokaryotes. Unapotafuta jeni katika prokariyoti, ni rahisi kugundua ORF na kupata jeni katika prokariyoti. Katika yukariyoti, kwa kuwa kuna introns, ORF ni mlolongo wa kodoni ambao huunda baada ya usindikaji au kuunganisha RNA. ORF ni sehemu ya ushahidi ambayo husaidia utabiri wa jeni mradi ORF inaweza kuwa sehemu ya jeni.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya CDS na ORF?
- Katika prokariyoti, CDS na ORF ni sawa.
- Zote zina kodoni ya kuanzia na kusimamisha kodoni.
- Zina idadi ya nyukleotidi ambazo zinaweza kugawanywa na tatu.
- Baada ya kutafsiri, hutoa mfuatano wa asidi ya amino.
Kuna tofauti gani kati ya CDS na ORF?
CDS ni sehemu halisi ya jeni ambayo hutafsiriwa kuwa protini wakati ORF ni sehemu ya DNA kati ya kodoni ya mwanzo na kodoni ya kuacha. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kuu kati ya CDS na ORF. Zaidi ya hayo, CDS haina introns, lakini ORF inaweza kuwa na introns. CDS hunukuu kikamilifu hadi katika mfuatano kamili wa mRNA huku ORF inaweza kuwa sehemu ya mfuatano wa mRNA. Kwa hivyo, hii ni tofauti nyingine kati ya CDS na ORF.
Chini ya jedwali za infografia kando kando tofauti kati ya CDS na ORF.
Muhtasari – CDS dhidi ya ORF
CDS na ORF ni sehemu mbili muhimu za jeni. CDS inarejelea eneo halisi la DNA ambalo hutafsiri kuwa protini. ORF ni mfuatano wa DNA unaoanza na kodoni ya kuanzia “ATG” na kuishia na kodoni yoyote kati ya tatu za kukomesha (TAA, TAG au TGA). ORF inaweza kuwa sehemu ya mRNA kamili ya jeni. Hata hivyo, mlolongo wa usimbaji wa jeni hunukuu ili kukamilisha mfuatano wa mRNA. CDS zote ni ORF. Lakini sio ORF zote ni CDS. Kwa hivyo, hii ni muhtasari wa tofauti kati ya CDS na ORF.
