Tofauti kuu kati ya contig na scaffold ni kwamba contig haina mapungufu ilhali kiunzi kina contigs na mapengo.
Mfuatano wa genome wa viumbe vyenye seli nyingi ni mgumu sana ikilinganishwa na mfuatano wa viumbe vyenye seli moja. Upangaji wa bunduki ya jenomu nzima ni mbinu rahisi na ya haraka ya kupanga mpangilio wa jenomu za seli nyingi. Ni njia ambayo hupanga vipande vingi vya DNA vinavyopishana kwa sambamba. Kwa njia hii, vipande vidogo vinakusanywa katika vipande vikubwa na kisha kwenye contigs kubwa kwa kutumia kompyuta. Kisha contigs hukusanywa kwenye scaffolds na hatimaye kwenye kromosomu. Kwa hivyo, contig ni safu inayoendelea ya mfuatano wa nyukleotidi wakati kiunzi ni sehemu ya jenomu inayojumuisha contigi na mapengo. Contig na kiunzi zimeundwa upya mfuatano wa jeni.
Contig ni nini?
Contig ni mfuatano wa jeni. Ni mfululizo unaoendelea wa mfuatano unaojumuisha besi za A, C, G na T. Inaundwa kwa kuweka pamoja vipande kadhaa vidogo vinavyopishana vya DNA katika mlolongo mrefu zaidi. Kwa maneno rahisi, contig ni mkusanyiko wa seti ya vipande vya mlolongo. Uundaji wa Contig unahusisha ubainishaji wa vipande vya mfuatano unaopishana kulingana na ulinganishaji wa kamba za ndani na mbinu za upangaji ambazo hubainisha ncha zinazopishana za mfuatano.
Miongozo haina mapungufu. Ni sehemu ya kiunzi. Contigs zimefungwa pamoja wakati wa kuunda kiunzi. Inahitaji maelezo ya ziada kuhusu nafasi ya jamaa na mwelekeo wa contigs katika jenomu. Mapengo hutenganisha contigs kwenye kiunzi. Kimsingi, mkusanyiko wa contig ni hatua muhimu katika mpangilio wa bunduki-jenomu nzima. Contigs hukusanywa hatimaye katika mlolongo kamili wa genomic. Ukusanyaji wa Contig kwa kawaida huhitaji uelewa wa algoriti katika ulinganishaji wa kamba na upangaji wa mfuatano.
Scaffold ni nini?
Kiunzi ni mfuatano wa kinasaba ulioundwa upya kutoka kwa mikunjo ya shotgun ya jenomu nzima iliyofuatana mwisho. Kimuundo, jukwaa linajumuisha contigs na mapungufu. Kwa hiyo, scaffolds huundwa kwa kuunganisha contigs pamoja na kuwatenganisha na mapungufu. Uundaji wa kiunzi unahitaji maelezo kuhusu nafasi na mwelekeo unaohusiana wa contigs kwenye jenomu. Mkusanyiko wa bunduki za jenomu nzima unalenga kuwakilisha kila mfuatano wa jeni katika kiunzi kimoja. Lakini, haiwezekani kabisa. Kwa hivyo, kromosomu moja inaweza kuwakilishwa na scaffolds kadhaa. Wakati mwingine scaffolds inaweza kuingiliana. Zaidi ya hayo, baadhi ya scaffolds zinaweza kuchujwa wakati wa mkusanyiko.
Kielelezo 02: Muhtasari wa Mkutano wa Whole-Genome Shotgun
Urefu wa pengo la kiunzi hauonyeshi urefu wake halisi. Kwa ujumla, mapungufu yamewekwa kiholela kwa urefu fulani uliowekwa. Kwa hivyo, mapengo haya na kutokuwa na uhakika katika urefu wao huleta matatizo katika kuelewa uhusiano wa kweli wa anga wa vipengele vya utendaji katika jenomu na kiwango halisi cha kukosa taarifa. Wakati mwingine mapengo huwakilisha kukosa taarifa ya kinasaba.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya Contig na Scaffold?
- Contig na scaffold ni mfuatano wa jeni unaojumuisha mfuatano wa nyukleotidi.
- Mikunjo inaundwa na contigs na mapengo.
Kuna tofauti gani kati ya Contig na Scaffold?
A contig ni mfuatano endelevu uliokusanywa kutoka kwa seti ya vipande vya mfuatano. Kinyume chake, kiunzi ni sehemu ya mfuatano wa jeni iliyojengwa upya kwa kuunganisha contigi pamoja. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kuu kati ya contig na scaffold. Zaidi ya hayo, contigs hazina mapengo ilhali contigi kwenye kiunzi hutenganishwa na mapengo.
Hapo chini ya infographic huweka jedwali la tofauti zaidi kati ya contig na scaffold.
Muhtasari – Contig vs Scaffold
Zote mbili za contig na kiunzi zimeundwa upya mfuatano wa nyukleotidi katika miradi ya upangaji wa jenomu nzima. Contig ni safu inayoendelea ya mfuatano wa jeni iliyo na besi za A, C, G na T bila mapengo. Kiunzi ni mlolongo wa genomic lina contigs na mapungufu. Kwa hivyo, vijenzi vifupi zaidi vya kusanyiko ni contigi wakati scaffolds ni mikusanyiko ya contigi. Hatimaye, scaffolds hukusanywa katika kromosomu katika mfuatano wa genome nzima. Kwa hivyo, hii inatoa muhtasari wa tofauti kati ya contig na scaffold.
