Tofauti kuu kati ya CGH na safu ya CGH ni kwamba CGH ni mbinu ya kitamaduni ya molekuli ya cytogenetic ya kuchanganua utofauti wa nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio ambayo ina azimio la chini, wakati safu ya CGH ni njia ya cytogenetic ya molekuli otomatiki kabisa kwa kuchanganua utofauti wa nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio ambayo ina ubora wa juu zaidi.
CGH na safu CGH ni mbinu mbili za kugundua tofauti za nambari za nakala kwa watu binafsi. Tofauti ya nambari ya nakala inarejelea sehemu za jenomu ambazo hurudiwa. Nambari ya nakala inatofautiana kati ya watu binafsi. Tofauti ya nambari ya nakala kwa ujumla imegawanywa katika vikundi viwili: marudio mafupi na marudio marefu. Mojawapo ya mifano inayojulikana zaidi kwa tofauti ya nambari ya nakala fupi ni kurudia kwa trinucleotide ya CAG katika jeni la uwindaji. Hii husababisha ugonjwa wa neva unaoitwa huntingtin. Mfano bora kwa utofauti wa nambari ya nakala ya kurudia kwa muda mrefu ni jeni ya alpha amylase, ambayo husababisha ukinzani wa insulini. Nakala tofauti za nambari zinaweza kutambuliwa kwa mbinu kama vile FISH, CGH, na safu ya CGH.
CGH ni nini?
CGH ni mbinu ya kitamaduni ya molekuli ya cytogenetic ya kuchanganua utofauti wa nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio ikilinganishwa na sampuli ya marejeleo. Ina azimio la chini ikilinganishwa na mbinu za otomatiki. Madhumuni ya mbinu hii ni kulinganisha haraka na kwa ufanisi sampuli mbili za DNA za jeni zinazotokana na vyanzo tofauti.
Kielelezo 01: CGH
Utaratibu unahusisha kutenganisha DNA kutoka vyanzo viwili: majaribio na marejeleo. Kisha hatua inayofuata ni uwekaji lebo huru wa sampuli za DNA za majaribio na marejeleo zenye fluorophores za rangi tofauti. Baadaye, sampuli mbili za DNA zilibadilishwa ili kupata sampuli za DNA zenye nyuzi moja. Hatimaye, mseto wa sampuli mbili za matokeo za DNA katika uwiano wa 1:1 kwa uenezi wa kawaida wa metaphase wa kromosomu ulifanyika. Tofauti za kromosomu zinaweza kutambuliwa kati ya vyanzo viwili kwa kutumia darubini ya fluorescence na programu ya kompyuta. Zaidi ya hayo, mbinu ya CGH inaweza tu kugundua kasoro zisizosawazishwa za kromosomu.
Array CGH ni nini?
Array CGH ni mbinu otomatiki ya molekuli ya saitojenetiki ya kuchanganua utofauti wa nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio ikilinganishwa na sampuli ya marejeleo. Ina azimio la juu, na ilitengenezwa ili kupunguza vikwazo vya CGH ya jadi. Mkusanyiko wa CGH unachanganya kanuni za CGH na matumizi ya safu ndogo. Badala ya kutumia kromosomu za metaphase, njia hii hutumia slaidi zilizopangwa kwa sehemu ndogo za DNA kama shabaha. Miundo midogo hii ilitengenezwa kwa kuweka na kuzuia kiasi kidogo cha DNA (probes) kwenye usaidizi wa kioo kigumu. Ukubwa wa vichunguzi unaweza kutofautiana kutoka oligonucleotidi hadi kromosomu bandia ya bakteria.
Kielelezo 02: Mkusanyiko wa CGH
Bila kujali uchunguzi, mbinu ya msingi ya safu CGH ni sawa na CGH. Mara tu uchunguzi ulio na safu ndogo unapotayarishwa, sampuli mbili za DNA (jaribio na marejeleo) zilizo na alama za fluorophore za rangi tofauti huchanganywa pamoja na kuongezwa kwenye safu ndogo. Kwa kuwa DNA katika sampuli ina mshororo mmoja kwa sababu ya uasilia, DNA hii huchanganywa na vichunguzi vilivyopangwa vyenye nyuzi moja. Kutumia mfumo wa picha za dijiti, inawezekana kutambua tofauti za kromosomu kati ya vyanzo viwili.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya CGH na Array CGH?
- CGH na safu CGH ni mbinu mbili za kugundua tofauti za nambari za nakala.
- Ni mbinu za molekuli za cytogenetic.
- Njia zote mbili hutambua matatizo yasiyo ya kawaida ya kromosomu.
- Fluorophore huhusika katika mbinu zote mbili.
- Njia zote mbili zinaweza kutumika kugundua matatizo ya kijeni kutokana na nakala tofauti za nambari.
- Zinatumika sana katika uchanganuzi linganishi wa jeni.
Nini Tofauti Kati ya CGH na Array CGH?
CGH ni mbinu ya kitamaduni ya molekuli ya cytogenetic ya kuchanganua utofauti wa nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio ambayo ina azimio la chini, wakati safu ya CGH ni mbinu ya kimolekuli ya cytogenetic ya kuchanganua tofauti ya nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio. ambayo ina azimio la juu zaidi. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kuu kati ya CGH na safu ya CGH. Zaidi ya hayo, katika CGH, sampuli za DNA za majaribio na marejeleo huchanganywa na kuenea kwa metaphase ya kromosomu, lakini katika safu ya CGH, sampuli za DNA za majaribio na marejeleo huchanganywa na vichunguzi vya DNA visivyosogezwa vilivyo na safu ndogo.
Infografia iliyo hapa chini inaorodhesha tofauti kati ya CGH na safu ya CGH katika umbo la jedwali kwa ulinganishi wa kando.
Muhtasari – CGH dhidi ya Array CGH
CGH na safu CGH ni mbinu mbili za sitojenetiki ya molekuli ili kugundua kasoro zisizosawazishwa za kromosomu. Zinatumika sana katika uchambuzi wa kulinganisha wa genomic. CGH ni mbinu ya kimapokeo ya cytogenetic ya molekuli ya kuchanganua utofauti wa nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio ambayo ina azimio la chini. Kinyume chake, safu ya CGH ni mbinu ya cytogenetic ya molekuli otomatiki kikamilifu kwa kuchambua utofauti wa nambari ya nakala katika DNA ya sampuli ya jaribio ambayo ina azimio la juu zaidi. Kwa hivyo, hii inatoa muhtasari wa tofauti kati ya CGH na safu ya CGH.
