Tofauti kuu kati ya Golden Gate na Gibson Assembly ni kwamba Golden Gate inategemea kuwepo kwa tovuti za vizuizi ndani ya mlolongo fulani ili kutengenezwa, huku Gibson Assembly haitegemei kuwepo kwa tovuti za vizuizi ndani ya mlolongo fulani. itengenezwe.
Katika miongo kadhaa iliyopita, wanasayansi wa molekuli wamebuni mbinu mbalimbali zilizosanifiwa zinazoruhusu uunganishaji rahisi wa vipande vingi vya DNA katika kipande kimoja. Kwa hivyo, mbinu za uundaji kama vile Uunganishaji wa Enzyme ya Vizuizi, Ufungaji wa Lango, Mkutano wa Gibson, Mkutano wa Lango la Dhahabu, na Uundaji wa TOPO hutumiwa sana na watafiti katika majaribio ya kisayansi. Kwa hivyo, Golden Gate na Gibson Assembly ni mbinu mbili za uundaji wa molekuli ambazo huruhusu kuunganishwa kwa vipande vingi vya DNA katika kipande kimoja.
Kusanyiko la Lango la Dhahabu ni nini?
Golden Gate ni mbinu ya uundaji wa molekuli ambayo hurahisisha uunganishaji wa vipande vingi vya DNA katika kipande kimoja. Njia hii inategemea uwepo wa tovuti za kizuizi ndani ya mlolongo fulani wa kutengenezwa. Ilianza mwaka wa 1996. Mbinu hii hutumia vimeng'enya vya kizuizi cha Aina ya IIS na ligase ya T4 ya DNA. Enzymes hizi hukata DNA nje ya maeneo ya utambuzi. Wanaweza kuunda overhangs zisizo za palindromic. Kwa hivyo, vipande vingi vya DNA vinaweza kuunganishwa kwa kutumia michanganyiko ya mfuatano wa overhang.
Kielelezo 01: Lango la Dhahabu
Utaratibu wa Bunge la Golden Gate
Mbinu ya Lango la Dhahabu ina hatua tatu kuu katika utaratibu wake:
- uundaji wa mianzi kwenye vekta ya uundaji,
- mkusanyiko wa vichochezi vingi vya DNA kwa kutumia mfuatano maalum wa kipande katika viambatisho, na
- shinikizo.
Mkusanyiko wa Lango la Dhahabu hutumia vekta za uundaji wa mduara (vekta lengwa). Zaidi ya hayo, kwa njia hii, tovuti ya kizuizi hutolewa kutoka kwa bidhaa iliyounganishwa ili kutekeleza digestion na kuunganisha wakati huo huo. Itifaki ya kawaida ya mzunguko wa joto kwa Golden Gate oscillates kati ya 37 °C na 16 °C kwa sababu 37 °C ni bora zaidi kwa kizuizi cha vimeng'enya na 16 °C ni bora zaidi kwa ligasi.
Gibson Assembly ni nini?
Gibson Assembly ni mbinu ya uundaji wa molekuli ambayo inaruhusu kuunganishwa kwa vipande vingi vya DNA katika kipande kimoja. Tofauti na njia ya Lango la Dhahabu, njia hii haitegemei kuwepo kwa maeneo ya kizuizi ndani ya mlolongo fulani wa kuunganishwa. Ilipatikana na Daniel G. Gibson wa Taasisi ya J. Craig Venter. Mbinu hii ni aina ya mfuatano na mbinu inayojitegemea ya ligase cloning (SLIC).
Kielelezo 02: Mkutano wa Gibson
Taratibu za Bunge la Gibson
Gibson Assembly inahitaji vipande vya DNA vilivyo na jozi msingi 20-40 zinazopishana na vipande vya DNA vilivyo karibu. Uingiliano huongezwa kupitia PCR. Kisha vipande hivi vya DNA huongezwa kwenye mchanganyiko wa Gibson maser ambao una vimeng'enya vitatu. Utaratibu huu unafanywa chini ya hali ya isothermal (50 °C kwa saa 1) kwa kutumia vimeng'enya vitatu tofauti: exonuclease, DNA polymerase na DNA ligase. Exonuclease inatafuna DNA kutoka mwisho wa 5. Kwa hivyo, haizuii shughuli za polymerase na kuruhusu majibu kuendelea katika mchakato mmoja. Maeneo yanayotokana yenye ncha moja kwenye vipande vya DNA vilivyo karibu yanaweza kukatwa kutokana na mifuatano inayoingiliana. DNA polymerase hujaza mapengo kwa kuongeza nyukleotidi. Hatimaye, ligase ya DNA inajiunga kwa ushirikiano na DNA ya sehemu za karibu. Kwa kawaida, Mkutano wa Gibson hutumia vekta za lengwa zenye mstari. Zaidi ya hayo, mbinu hii inaweza kuchanganya kwa wakati mmoja hadi vipande 15 vya DNA kulingana na ufanano wa mfuatano.
Kufanana Kati ya Golden Gate na Gibson Assembly
- Golden Gate na Gibson Assembly ni mbinu mbili za uundaji wa molekuli.
- Njia zote mbili zinaweza kukusanya vipande vingi vya DNA kwenye kipande kimoja.
- Njia hizi hutumia vekta lengwa.
- Njia zote mbili hutumia baisikeli za mafuta kwa kuunganisha vipande vingi vya DNA.
- Zinatumika katika mutagenesis iliyoelekezwa kwenye tovuti.
Tofauti Kati ya Golden Gate na Gibson Assembly
Golden Gate ni mbinu ya uundaji wa molekuli inayotumika katika uunganishaji wa vipande vingi vya DNA kwenye kipande kimoja kutegemea kuwepo kwa tovuti za vizuizi ndani ya mlolongo fulani wa kutengenezwa, huku Gibson Assembly ni mbinu ya uundaji wa molekuli inayotumika katika mkusanyiko wa vipande vingi vya DNA katika kipande kimoja bila kutegemea kuwepo kwa maeneo ya kizuizi ndani ya mlolongo fulani wa kutengenezwa. Hii ndio tofauti kuu kati ya Golden Gate na Gibson Assembly. Zaidi ya hayo, mbinu ya Golden Gate hutumia vekta lengwa la duara, ilhali mbinu ya Gibson Assembly hutumia vekta ya maeneo yenye mstari yenye mstari.
Taarifa ifuatayo inaweka jedwali la tofauti kati ya Golden Gate na Gibson Assembly.
Muhtasari – Golden Gate vs Gibson Assembly
Kuunganisha kwa molekuli ni mbinu inayotumiwa kukusanya molekuli recombinant za DNA na kuelekeza urudufishaji wao ndani ya viumbe mwenyeji. Golden Gate na Gibson Assembly ni njia mbili za uundaji wa molekuli zinazoruhusu mkusanyiko wa vipande vingi vya DNA kwenye kipande kimoja. Mbinu ya Lango la Dhahabu inategemea kuwepo kwa tovuti za vizuizi ndani ya mlolongo fulani wa kutengenezwa, wakati Mkutano wa Gibson hautegemei kuwepo kwa tovuti za vizuizi ndani ya mlolongo fulani ili kutengenezwa. Kwa hivyo, hii ndiyo tofauti kuu kati ya Golden Gate na Gibson Assembly.
