Tofauti kuu kati ya dNTP na ddNTP ni kwamba dNTP au deoxyribonucleotides ni viambajengo vya DNA na vina kundi la 3′-OH kwenye muundo wa sukari ya pentose wakati ddNTP au didoxynucleoside trifosfati ni nyukleotidi ambazo hazina 3′-OH kundi na wao. hutumika katika mbinu ya kupanga mpangilio wa DNA ya Sanger dieoxy ili kutoa mpangilio tofauti wa DNA.
dNTP na ddNTP ni nyukleotidi. dNTP inarejelea nyukleotidi za deoxyribose. Wao ni matofali ya ujenzi wa DNA. dNTP hutumiwa kuunganisha DNA. dNTP, kwa upande mwingine, inahusu trifosfati ya dieoxynucleoside. Zinatumika katika mpangilio wa Sanger ili kukomesha usanisi wa DNA kwa urefu tofauti. Wanakosa kundi la OH katika nafasi ya 3′. Hidrojeni iko kwenye nafasi 3′ badala ya kundi la OH. Kwa hivyo, ddNTP haziwezi kuunda dhamana ya phosphodiester na nyukleotidi inayofuata. dNTP ina uwezo wa kutekeleza usanisi wa DNA, huku ddNTP ina uwezo wa kusitisha upolimishaji wa DNA.
dNTP ni nini?
dNTP inawakilisha deoxyribose nyukleotidi au deoxyribonucleotide. Ni nyenzo ya ujenzi wa DNA. Kuna aina nne za dNTP. Wao ni dATP, dTTP, dCTP na dGTP. Zinaitwa kulingana na purine au pyrimidine besi za nitrojeni: Adenine (A), Guanine (G), Thymine (T) na Cytosine (C).
Kielelezo 01: dNTP
Adenine na guanini ni besi za purine wakati thymine na cytosine ni besi za pyrimidine. Sukari ya pentose ya dNTP ni deoxyribose. Pia kuna kikundi cha phosphate. Kwa hiyo, dNTP inaundwa na vipengele vitatu: msingi wa nitrojeni, sukari ya deoxyribose na kikundi cha phosphate. DNTP hizi huchanganyika kupitia vifungo vya phosphodiester. Katika dNTPs, kuna kundi la OH lililoambatishwa kwa nafasi ya 3ʹ ya sukari ya pentosi ambayo inahitajika kuunda kiungo na kikundi cha fosfeti kilichounganishwa na 5ʹ kaboni ya sukari ya nyukleotidi inayofuata. Kwa kuwa dNTP zote zina kundi hili la 3ʹ -OH, zina uwezo wa kuunganisha na kupanua viambato vya DNA. Kwa hivyo, dNTP hufanya kama kitengo cha msingi cha kurudia DNA na suala la kemikali la jeni. Usanisi wa DNA daima huanzia 5′ hadi 3′.
DdNTP ni nini?
Mfuatano wa Sanger ni mbinu ya kizazi cha kwanza ya kupanga mpangilio wa DNA iliyotengenezwa na Frederick Sanger na vyuo vyake mwaka wa 1977. Pia inajulikana kama Chain Termination Sequencing au Dideoxy sequencing kwa kuwa kanuni ya msingi ya mbinu hii ni kusitisha mnyororo kwa kutumia triphosphates ya dideoxynucleoside. (ddNTPs). ddNTP ni nyukleotidi zinazotumika katika mpangilio wa Sanger. Mfuatano wa Sanger unatokana na ujumuishaji maalum wa ddNTP na kukomesha usanisi wa DNA wakati wa uigaji wa DNA wa vitro. Umaalumu wa ddNTPs ni kwamba wanakosa kundi la 3ʹ-OH kwenye sukari ya pentosi ili kuendeleza uundaji wa dhamana ya phosphodiester kati ya kundi la fosfeti la 5ʹ katika nyukleotidi iliyo karibu. Kwa hivyo, mara tu ddNTP inapounganishwa kwenye uzi unaopanuka, urefu wa mnyororo hukoma na kuisha kutoka hatua hiyo. ddNTPs hufanya kazi kama vizuizi vya kurefusha mnyororo wa DNA polimasi wakati wa mbinu ya mfuatano ya Sanger.
Kielelezo 02: ddNTP
Kuna ddNTP nne: ddATP, ddCTP, ddGTP na ddTTP zinazotumika katika mpangilio wa Sanger. Nucleotidi hizi husimamisha mchakato wa urudufishaji wa DNA zinapoingizwa kwenye uzi unaokua wa DNA. Kama matokeo, mpangilio wa Sanger hutoa urefu tofauti wa DNA fupi. Electrophoresis ya gel ya capillary hutumiwa kupanga nyuzi hizi fupi za DNA kwa ukubwa wao kwenye gel. ddNTP zimewekwa alama za mionzi au umeme kwa rangi tofauti kwa urahisi wa kuchanganua mlolongo wa DNA. Kwa kuchanganua jeli, mfuatano wa nyukleotidi wa uzi wa DNA usiojulikana unaweza kubainishwa.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya dNTP na DdNTP?
- DNTP na ddNTP zote mbili zinatumika katika mpangilio wa Sanger.
- Kuna aina nne za dNTP na ddNTPs.
- Zimeundwa kwa vipengele vitatu: msingi wa nitrojeni, sukari ya deoxyribose na vikundi vya fosfeti.
Kuna tofauti gani kati ya dNTP na DdNTP?
dNTP ni mojawapo ya aina nne za deoxyribonucleotides ambazo ni viambajengo vya DNA. ddNTP ni mojawapo ya aina nne za trifosfati za dieoxyribonucleoside zinazotumiwa katika mbinu ya kupanga mpangilio ya Sanger. dNTP ina kundi la 3′-OH kwenye sukari ya pentose huku ddNTP ikikosa kundi la 3ʹ-OH kwenye sukari ya pentose. Kwa hivyo, hii ndiyo tofauti kuu kati ya dNTP na ddNTP. Zaidi ya hayo, dNTPs hufanya upolimishaji wa DNA huku ddNTP zikisitisha upolimishaji wa DNA. Kwa hivyo, hii ni tofauti nyingine kuu kati ya dNTP na ddNTP.
Infografia iliyo hapa chini inaorodhesha tofauti kati ya dNTP na ddNTP katika umbo la jedwali.
Muhtasari – dNTP dhidi ya DdNTP
DNTP za kawaida ni viambajengo vya DNA huku ddNTP ni nyukleotidi zinazotumika katika mbinu ya mpangilio ya Sanger. dNTP ina 3ʹ-OH huku ddNTP ikikosa 3ʹ-OH. Kwa hivyo, hii ndiyo tofauti kuu kati ya dNTP na ddNTP. Zaidi ya hayo, dNTP inaweza kuunganisha uzi wa DNA wakati ddNTP inaweza kukomesha upolimishaji wa DNA. Kwa hivyo, ddNTP hutumika katika mpangilio wa Sanger ili kutoa viambata tofauti vya DNA vyenye urefu tofauti. Wakati wa mpangilio wa Sanger, dNTP na ddNTP zote zimejumuishwa.
