Tofauti Muhimu – RAPD dhidi ya RFLP
Alama za urithi hutumika katika Biolojia ya Molekuli kutambua tofauti za kijeni kati ya watu binafsi na spishi. DNA Nasibu ya Polymorphic DNA (RAPD) na Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ni viashirio viwili muhimu vya molekuli vinavyotumiwa mara kwa mara katika maabara. RAPD inafanywa kwa kutumia viasili vifupi vya oligonucleotide na kiholela, na inategemea upanuzi wa nasibu wa maeneo mengi katika DNA ya violezo vya kiumbe hai. RFLP inatekelezwa kwa kizuizi maalum cha endonuclease, na inategemea upolimishaji wa vipande vya vizuizi vinavyotokana na mseto. Tofauti kuu kati ya RAPL na RFLP ni kwamba RAPD ni aina ya mbinu ya PCR inayotekelezwa bila maarifa ya awali ya mfuatano ilhali RFLP haihusiki katika PCR na inahitaji maarifa ya awali ya mfuatano ili kutekeleza mbinu hiyo.
RAPD ni nini?
RAPD ni kiashirio muhimu cha molekuli katika baiolojia ya molekuli. Ni mbinu ya haraka na rahisi. RAPD inaweza kufafanuliwa kuwa mbinu inayosababisha mfuatano wa DNA wa aina nyingi kama matokeo ya ukuzaji nasibu wa maeneo mengi ya kiolezo cha DNA lengwa. RAPD hutumia viasili vifupi vya oligonucleotide vilivyo na mfuatano holela kwa ukuzaji wa PCR. Viunzilishi vimeundwa kwa njia isiyo ya kweli bila ujuzi wa awali wa mfuatano. Kwa hivyo, inachukuliwa kuwa mbinu rahisi na muhimu.
Hatua kuu zifuatazo zinahusika katika RAPD.
- Uchimbaji wa DNA lengwa
- Ukuzaji wa maeneo mengi ya DNA lengwa kwa kutumia viasili vilivyochaguliwa bila mpangilio
- Gel electrophoresis ya bidhaa za PCR zilizokuzwa
- Kupaka rangi ya ethidiamu bromidi na utambuzi wa upolimishaji
Kutokana na mabadiliko katika uwekaji viambatisho, vipande tofauti vyenye urefu tofauti huzalishwa wakati wa ukuzaji. Kwa hivyo, mifumo ya kuunganisha kwenye jeli ni tofauti kati ya watu binafsi na spishi. Kwa hivyo, RAPD huwezesha ugunduzi wa tofauti za kijeni miongoni mwa viumbe katika utambuzi na utofautishaji.
RAPD inatumika katika tafiti mbalimbali za baiolojia ya molekuli kama vile kutambua tofauti ya kijeni kati ya spishi zinazohusiana kwa karibu, ramani ya jeni, uwekaji alama za vidole vya DNA, utambuzi wa magonjwa ya kurithi, n.k.
Kielelezo 01: RAPD
RFLP ni nini?
Polimorphisms za Urefu wa Kizuizi cha Sehemu ya Urefu (RFLPs) ni kiashirio cha molekuli kinachotumika katika baiolojia ya molekuli kwa ajili ya kutambua tofauti za kijeni katika mifuatano ya DNA inayofanana. Ni alama ya kwanza ya kijeni iliyoundwa kwa ajili ya uchapaji vidole vya DNA. Viumbe vyote huzalisha wasifu wa kipekee wa DNA wakati umezuiwa na vimeng'enya maalum vya kizuizi. RFLP hutumika kama zana muhimu katika kutoa wasifu wa kipekee wa DNA wa watu binafsi na kugundua tofauti za kijeni miongoni mwao. Sampuli za DNA zinapomeng'enywa kwa endonuclease za kizuizi maalum, hutoa wasifu tofauti wa DNA ambao ni wa kipekee kwa kila mtu. Kwa hivyo, njia kuu ya njia hii ni kugundua tofauti za maumbile kati ya viumbe kwa kuzuia DNA ya homologous na vimeng'enya maalum vya kizuizi na uchambuzi wa upolimishaji wa urefu wa kipande kupitia elektrophoresis ya gel na blotting. Mifumo ya ukaushaji ni ya kipekee kwa kila kiumbe na ina sifa za aina mahususi.
Hatua zifuatazo zinahusishwa na RFLP.
- Kutenga kiasi cha kutosha cha DNA kutoka kwa sampuli
- Mgawanyiko wa sampuli za DNA zilizo na kizuizi mahususi endonuclease katika mfuatano mfupi
- Kutenganishwa kwa vipande vilivyotokana na urefu tofauti kwa electrophoresis ya jeli ya agarose.
- Uhamisho wa wasifu wa jeli hadi kwenye utando kwa kufutwa kwa Kusini
- Mseto wa utando wenye vichunguzi vilivyo na lebo na uchanganuzi wa upolimishwaji wa urefu wa kipande katika kila wasifu
RFLP ina matumizi mbalimbali kama vile utambuzi wa magonjwa ya mirathi, ramani ya jenomu, utambuzi wa uhalifu katika tafiti za kitaalamu, upimaji wa uzazi n.k.
Kielelezo 02: RFLP genotyping
Kuna tofauti gani kati ya RAPD na RFLP?
RAPD dhidi ya RFLP |
|
| RAPD ni kiashirio cha molekuli kulingana na vianzio nasibu na PCR. | RFLP ni kiashirio cha molekuli kulingana na utengenezaji wa vipande tofauti vya vizuizi vya urefu. |
| Sampuli Inayohitajika | |
| Sampuli ndogo za DNA zinatosha kwa uchanganuzi wa RAPD. | Kiasi kikubwa cha sampuli ya DNA iliyotolewa kinahitajika kwa uchanganuzi wa RFLP. |
| Wakati | |
| RAPD ni mchakato wa haraka. | RFLP ni mchakato unaotumia muda mwingi. |
| Matumizi ya Awali | |
| Vianzilishi nasibu vinatumika na vianzio sawa vinaweza kutumika kwa spishi tofauti. | Vichunguzi maalum vya aina hutumika katika RFLP kwa mseto. |
| Kuegemea | |
| Uaminifu wa mbinu ni mdogo ikilinganishwa na RFLP. | RFLP ni mbinu inayotegemewa. |
| Kufuta | |
| RAPD inahusisha ukaushaji wa kusini. | Ukaushaji wa Kusini ni hatua moja ya RFLP. |
| Ugunduzi wa Tofauti ya Alleli | |
| Tofauti za mzio haziwezi kutambuliwa na RAPD. | Afaida za allelic zinaweza kutambuliwa na RFLP. |
| Haja ya Maarifa ya Mfuatano | |
| RAPD haihitaji maarifa ya awali ya mfuatano. | Maarifa ya awali ya mfuatano yanahitajika kwa ajili ya kubuni uchunguzi. |
| PCR | |
| PCR inahusika na RAPD | PCR haihusiki na RFLP. |
| Uzalishaji tena | |
| RAPD ina uwezo mdogo wa kuzaliana | RFLP ina uwezo wa kuzaliana zaidi ikilinganishwa na RAPD. |
Muhtasari – RAPD dhidi ya RFLP
RAPD na RFLP ni viashirio muhimu vinavyotumika katika biolojia ya molekuli. Njia zote mbili zina uwezo wa kugundua tofauti za maumbile kati ya viumbe. RAPD inafanywa kwa kutumia primers nasibu. RFLP inafanywa kwa kutumia enzymes maalum za kizuizi. Njia zote mbili hutoa maelezo ya DNA ya kipekee kwa viumbe binafsi. RAPD inahusika kwa kulinganishwa na hatua chache kuliko RFLP. Lakini hutoa matokeo chini ya kuaminika na reproducible kuliko RFLP. Hii ndiyo tofauti kuu kati ya RAPD na RFLP.
