Tofauti Muhimu – AFLP dhidi ya RFLP
Tafiti za DNA zina umuhimu mkubwa katika kuelewa na kubainisha uhusiano wa filojenetiki, kutambua magonjwa ya kijeni na kuchora ramani ya jenomu za kiumbe. Mbinu kadhaa zinazohusiana na uchanganuzi wa DNA hutumiwa pia kwa utambuzi wa jeni fulani au mlolongo wa DNA katika dimbwi la DNA isiyojulikana. Zinajulikana kama alama za molekuli. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) na Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ni viashirio viwili vya molekuli (mbinu) vilivyotengenezwa katika biolojia ya molekuli ili kugundua tofauti za kijeni kati ya viumbe. Njia zote mbili ni muhimu kwa usawa na zina faida na hasara. Tofauti kuu kati ya AFLP na RFLP ni kwamba AFLP inahusisha upanuzi maalum wa PCR wa DNA iliyomeng'enywa huku RFLP haihusishi upanuzi maalum wa PCR wa vipande vya DNA.
AFLP ni nini?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) ni zana muhimu katika biolojia ya molekuli na hutumiwa sana katika uchanganuzi wa mabadiliko ya kijeni. AFLP inategemea ukuzaji mahususi wa PCR wa DNA ya jeni iliyogawanyika na ugunduzi wa upolimishaji kwa kutumia picha za sauti kupitia elektrophoresis ya jeli. AFLP huchangia sana katika kutambua tofauti za kijeni katika aina au aina zinazohusiana kwa karibu za falme mbalimbali ikiwa ni pamoja na mimea, wanyama, bakteria na fangasi. AFLP inaweza kufanywa kwa kiasi kidogo cha sampuli za DNA zisizojulikana. Haihitaji maarifa ya awali ya mfuatano na usanifu wa uchunguzi.
Hatua za AFLP
- Kutengwa kwa DNA
- Umeng'enyaji wa DNA wenye vizuizi vya endonuclease
- Muunganisho wa vipande vya DNA vilivyowekewa vikwazo kwa adapta
- Ukuzaji wa kuchagua wa vipande vilivyo na tovuti mahususi za vizuizi
- Kutenganishwa kwa bidhaa za PCR kwa gel electrophoresis
- Taswira ya matrix ya gel kwa autoradiograph
AFLP ni mbinu nyeti zaidi na inayoweza kuzaliana tena inayoweza kutumika katika kuorodhesha DNA ya taxa kadhaa ikijumuisha kuvu, bakteria, mimea na wanyama bila maarifa ya awali ya mfuatano wa DNA. Husaidia katika kutambua tofauti kidogo kati ya watu binafsi katika idadi ya watu kutokana na hali yake nyeti sana. AFLP pia ni muhimu katika ramani ya jenomu, tafiti za kitaalamu, upimaji wa wazazi, uandishi wa jeni n.k.
Kielelezo 01: AFLP
RFLP ni nini?
Polimorphisms za Urefu wa Kizuizi cha Kizuizi (RFLPs) ni mbinu ambayo hutumiwa kugundua tofauti za kijeni katika mifuatano ya DNA ya homologous. Ndio njia ya kwanza iliyoundwa kwa wasifu wa DNA. Viumbe hai vina alama za vidole za kipekee za DNA au wasifu wa DNA. RFLP hutumika kama chombo muhimu cha kuchanganua tofauti kati ya wasifu wa DNA wa viumbe visivyo maalum au vinavyohusiana kwa karibu kwa vile mifuatano ya homologous ina maeneo tofauti ya vizuizi (maeneo) ambayo ni ya kipekee kwa kiumbe fulani. Wakati DNA ya homologous inameng'enywa na endonuclease za kizuizi maalum, itasababisha wasifu tofauti wa DNA ambao ni wa kipekee kwa kila mtu. Kwa hivyo, njia kuu ya njia hii ni kugundua tofauti za maumbile kati ya viumbe kwa kuzuia DNA ya homologous na vimeng'enya maalum vya kizuizi na uchambuzi wa upolimishaji wa urefu wa kipande kupitia elektrophoresis ya gel na blotting. Mifumo ya ukaushaji ni ya kipekee kwa kila kiumbe na ina sifa za aina mahususi.
Hatua za RFLP
- Kutenga kiasi cha kutosha cha DNA kutoka kwa sampuli
- Mgawanyiko wa sampuli za DNA zilizo na kizuizi mahususi endonuclease katika mfuatano mfupi
- Kutenganishwa kwa vipande vilivyotokana na urefu tofauti kwa electrophoresis ya jeli ya agarose.
- Uhamisho wa wasifu wa jeli hadi kwenye utando kwa kufutwa kwa Kusini
- Mseto wa utando wenye vichunguzi vilivyo na lebo na uchanganuzi wa upolimishwaji wa urefu wa kipande katika kila wasifu
RFLP ni mbinu muhimu sana katika kugundua urithi wa ugonjwa na kutafuta hatari ya kutokea kwa ugonjwa kati ya wanafamilia. RFLP pia hutumiwa mara kwa mara katika uchoraji wa ramani ya jenomu, kutambua wahalifu katika uchunguzi wa mahakama, uchunguzi wa kina baba, n.k. RFLP ina vikwazo kadhaa pia. RFLP inahitaji ujuzi wa awali wa data ya mfuatano ili kuunda uchunguzi wa mseto. Pia inahitaji kutengwa kwa kiasi cha kutosha cha DNA kutoka kwa sampuli ili kuchanganua, jambo ambalo ni gumu katika tafiti za kitaalamu.
Kielelezo 01: Ramani ya RRFLP
Kuna tofauti gani kati ya AFLP na RFLP?
ALFP dhidi ya RFLP |
|
| AFLP inahusisha upanuzi maalum wa PCR wa DNA iliyoyeyushwa. | RFLP haihusishi PCR isipokuwa ikiwa ni PCR-RFLP. |
| Maarifa ya Mfuatano | |
| Maarifa ya mfuatano wa awali hayahitajiki. | Maarifa ya awali ya mfuatano yanahitajika ili kuunda uchunguzi wa RFLP. |
| Kuegemea | |
| Hii inaaminika zaidi. | Hii si ya kuaminika ikilinganishwa na AFLP. |
| Ufanisi katika Kugundua Polymorphism | |
| Hii ina ufanisi wa juu katika kugundua upolimishaji kuliko RFLP. | Hii ina ufanisi mdogo ikilinganishwa na AFLP. |
| Gharama | |
| Hii ni ghali kidogo ikilinganishwa na RFLP. | Hii ni ghali kidogo ikilinganishwa na AFLP. |
| Maombi | |
| AFLPs zimetumika kwa ramani ya jenomu, uchapaji vidole vya DNA, tafiti za uanuwai wa kinasaba, uchunguzi wa kinababa na uchunguzi wa kitaalamu | Uchanganuzi wa RFLP ni zana muhimu katika uchoraji wa ramani ya jenomu, ujanibishaji wa jeni kwa matatizo ya kijeni, uamuzi wa hatari ya ugonjwa, na kupima baba. |
Muhtasari – AFLP dhidi ya RFLP
AFLP na RFLP ni mbinu mbili zinazotumika kama viashirio vya kijeni kwa ajili ya kutathmini uanuwai na tathmini ya mahusiano ya kijeni katika baiolojia ya molekuli. AFLP hutumika kama mbinu bora na nyeti ya kugundua upolimishaji wa kijeni kati ya viumbe kuliko RFLP. Hata hivyo, ingawa mbinu hizi zote mbili zina ufanisi tofauti katika kugundua tofauti za kijeni, bado zinatumika kwa alama za vidole vya DNA na utambuzi wa magonjwa.
