Tofauti kuu kati ya BLAST na FastA ni kwamba BLAST ni zana ya msingi ya upatanishi inayopatikana katika tovuti ya Kituo cha Kitaifa cha Taarifa ya Bioteknolojia huku FastA ni zana ya kutafuta mfanano inayopatikana katika tovuti ya Taasisi ya Ulaya ya Bioinformatics.
BLAST na FastA ni programu mbili zinazotumika sana kulinganisha mfuatano wa kibayolojia wa DNA, amino asidi, protini na nyukleotidi za spishi tofauti na kutafuta ufanano wao. Algorithms hizi ziliandikwa kwa kuzingatia kasi. Kwa sababu, wakati wanasayansi waliweza kutenga DNA katika maabara katikati ya miaka ya 1980, iliibua hitaji la kulinganisha na kupata jeni zinazofanana kwa utafiti zaidi kwa kasi ya juu. Kwa hivyo, programu hizi mbili zilitengenezwa kwa njia ambayo mtumiaji anaweza kutafuta kwa haraka mifuatano sawa na ile ya mpangilio wa hoja zao.
BLAST ni kifupi cha Zana ya Utaftaji ya Pangilia Msingi ya Ndani na hutumia mbinu iliyojanibishwa katika kulinganisha mifuatano miwili. FastA ni programu inayorejelea Fast A ambapo A inasimama kwa Wote. Hapa, programu hufanya kazi na alfabeti kama vile Fast A kwa mpangilio wa DNA na Fast P kwa protini. BLAST na FastA zote ni za haraka sana katika kulinganisha hifadhidata yoyote ya jenomu na kwa hiyo, zinaweza kutumika kifedha na pia katika kuokoa muda.
MLIPUKO ni nini?
BLAST ni mojawapo ya programu za bioinformatics zinazotumika sana ambayo ilitengenezwa mwaka wa 1990. Tangu wakati huo, inapatikana kwa kila mtu kwenye tovuti ya NCBI. Zaidi ya hayo, mtu yeyote anaweza kufikia programu hii na kuitumia. Zaidi ya hayo, BLAST ni programu inayohitaji data ya ingizo au mfuatano katika umbizo la FastA. Lakini, inatoa data ya pato katika maandishi wazi, HTML, au umbizo la XML. BLAST hufanya kazi kwa kanuni ya kutafuta ufanano uliojanibishwa kati ya mifuatano miwili na kuorodhesha fupi mfuatano unaofanana, na baada ya hapo, hutafuta kufanana kwa ujirani.
Kielelezo 01: Matokeo Mlipuko
Kwa hivyo, programu hii hutafuta idadi kubwa ya maeneo ya ndani sawa na kutoa matokeo ya kufikia thamani ya juu zaidi. Hata hivyo, mchakato huu unatofautiana na programu ya awali, ambayo hutafuta mlolongo mzima kwanza kisha kufanya ulinganisho, na hivyo, ilichukua muda mwingi.
Mbali na kuangalia mfanano hapo juu, BLAST ina matumizi mengine mengi kama vile kuchora ramani ya DNA, kulinganisha jeni mbili zinazofanana katika spishi tofauti, kuunda mti wa filojenetiki, n.k.
FastA ni nini?
FastA ni programu ya kupanga mfuatano wa protini. David J. Lipman na William R. Pearson walifafanua programu hii mwaka wa 1985. Ingawa matumizi ya awali ya programu hii yalikuwa kulinganisha mfuatano wa protini pekee, toleo lake lililorekebishwa liliweza kulinganisha mfuatano wa DNA pia. Hapa, programu hii inatumia kanuni ya kutafuta kufanana kati ya mlolongo mbili kitakwimu. Inalingana na mfuatano mmoja wa DNA au protini na mfuatano mwingine kwa mbinu ya upangaji wa mfuatano wa ndani.
Kielelezo 02: FastA
Hata hivyo, hutafuta maeneo ya karibu ili kupata kufanana, lakini si ulinganifu bora kati ya mifuatano miwili. Kwa kuwa programu hii inalinganisha ufanano uliojanibishwa wakati mwingine, inaweza kuja na kutolingana pia. Katika mlolongo, FastA inachukua sehemu ndogo inayojulikana kama k-tuples, ambapo nakala zinaweza kuwa kutoka 1 hadi 6 na inalingana na k-tuples za mlolongo mwingine. Mwishoni mwa mchakato wa kulinganisha, inapofikia thamani ya kizingiti, hutoa matokeo.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya BLAST na FastA?
- BLAST na FastA ni zana za habari za kibayolojia zinazotumika kulinganisha mfuatano wa protini na DNA kwa kufanana.
- Pia, programu zote mbili hutumia mkakati wa bao ili kulinganisha kati ya mfuatano.
- Zaidi ya hayo, zana zote mbili hutoa matokeo sahihi zaidi.
Kuna tofauti gani kati ya BLAST na FastA?
BLAST ni zana ya kuangalia ufanano kati ya mfuatano wa kibayolojia. Kwa upande mwingine, FastA ni programu nyingine ambayo inawezesha kuangalia kufanana kwa mlolongo wa protini na DNA. Walakini, kwa kulinganisha na FastA, programu ya BLAST ni maarufu sana kwani hutoa matokeo sahihi zaidi na ya haraka. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kati ya BLAST na FastA. Kwa kuongezea, tofauti na FastA, programu ya BLAST inaweza kubadilishwa kulingana na hitaji la mtumiaji. Kwa hivyo, hii ni tofauti nyingine kati ya BLAST na FastA.
Taarifa iliyo hapa chini kuhusu tofauti kati ya BLAST na FastA inatoa maelezo zaidi.
Muhtasari – BLAST dhidi ya FastA
BLAST na FastA ni programu mbili zinazomruhusu mtumiaji kulinganisha mfuatano wa hoja yake na mfuatano katika hifadhidata zilizopo na kuangalia ulinganifu. Madhumuni ya awali ya FastA ilikuwa kulinganisha mlolongo wa protini tu. Lakini, toleo lililobadilishwa la programu hii linawezesha ulinganisho wa mlolongo wa protini na DNA. Ingawa FastA ni programu nzuri, watu wengi hutumia zana ya upatanishi ya BLAST kwani inajulikana zaidi na hutoa matokeo sahihi na ya haraka kuliko FastA. Pia, zana ya BLAST inaweza kubadilishwa kulingana na mahitaji ya mtumiaji. Kwa kifupi, hii ni muhtasari wa tofauti kati ya BLAST na FastA.
