Tofauti kuu kati ya FASTA na FASTQ ni kwamba FASTA ni umbizo linalotegemea maandishi ambalo huhifadhi tu mfuatano wa nyukleotidi au protini, huku FASTQ ni umbizo linalotegemea maandishi ambalo huhifadhi thamani za ubora wa mfuatano na mfuatano husika.
Bioinformatics ni sehemu inayotumia programu tofauti kuchanganua na kuelewa data ya kibayolojia, hasa wakati seti ya data ni changamano na kubwa. Sehemu hii inachanganya baiolojia, kemia, fizikia, sayansi ya kompyuta, uhandisi wa habari, hisabati na takwimu ili kuchanganua na kufasiri data ya kibiolojia. FASTA na FASTQ ni miundo miwili ya uwakilishi wa mfuatano katika uwanja wa habari za kibayolojia ili kuoanisha na kuchanganua mfuatano. Kwa hakika, FASTQ ni umbizo la faili la mfuatano linalopanua umbizo la FASTA kwa uwezo wa kuhifadhi ubora wa mfuatano.
FASTA ni nini?
FASTA ni programu ya upatanishi ya DNA na mfuatano wa protini. Programu ya FASTA hutumia umbizo la FASTA. Ni umbizo linalotegemea maandishi ambalo linawakilisha aidha mfuatano wa nyukleotidi au mfuatano wa asidi ya amino (protini). Hapa, misimbo ya herufi moja inawakilisha mfuatano huu wote. FASTA ni chombo muhimu katika nyanja za bioinformatics na biokemia. Umbizo hili huruhusu majina ya mfuatano na maoni kutangulia mfuatano.
Kielelezo 01: Mfuatano wa FASTA
Muundo huu ulitokana na programu ya FASTA na ilianzishwa na David J. Lipmann na William R. Pearson mwaka wa 1985. Zana ya FASTA ilikuwa na marekebisho mengi baada ya muda, na toleo jipya zaidi lina programu za protini:protini, DNA.:DNA, protini:DNA iliyotafsiriwa (iliyo na vibadilisho) na utafutaji wa peptidi ulioagizwa au usio na mpangilio. FASTA husoma mfuatano wa nyukleotidi au asidi ya amino na hutafuta hifadhidata ya mfuatano inayolingana kwa kutumia upangaji wa mfuatano wa ndani ili kupata ulinganifu wa mfuatano wa hifadhidata sawa.
FASTQ ni nini?
FASTQ ni programu ya upatanishi inayotumika katika uwanja wa habari za kibayolojia, ambayo huhifadhi mfuatano wa kibayolojia (kwa kawaida mfuatano wa nyukleotidi) na alama zake za ubora zinazolingana. FASTQ iliundwa awali ili kuunganisha mfuatano ulioumbizwa wa FASTA na data ya ubora inayohusiana na Taasisi ya Wellcome Trust Sanger. Pamoja na maendeleo katika uwanja wa bioinformatics, FASTQ ikawa kiwango halisi cha kuhifadhi matokeo ya zana nyingi za upangaji matokeo ya juu.
Muundo wa FASTQ hutumia mistari minne tofauti kwa kila mfuatano. Mstari wa 1 huanza na @ herufi na kufuatiwa na kitambulisho cha mfuatano (sawa na mstari wa kichwa wa FASTA). Mstari wa 2 una herufi mbichi za mfuatano. Katika mstari wa 3, mfuatano huanza na herufi ‘+’ na hufuatwa kwa hiari na kitambulishi sawa cha mfuatano. Mstari wa 4 husimba thamani za ubora za mfuatano katika mstari wa 2 na inapaswa kuwa na idadi sawa ya alama na herufi katika mfuatano huo.
Je, ni Nini Zinazofanana Kati ya FASTA na FASTQ?
- FASTA na FASTQ ni zana za upatanishi.
- Ni miundo miwili ya uwakilishi wa mfuatano.
- Zote zinahusiana na uga wa bioinformatics.
- FAST na FASTQ ni zana muhimu kwa madhumuni ya kuhifadhi na kupanga mpangilio.
- FASTQ ni kiendelezi cha umbizo la FASTA chenye uwezo wa kuhifadhi ubora wa mfuatano.
Nini Tofauti Kati ya FASTA na FASTQ?
FASTA ni umbizo linalotegemea maandishi ambalo huhifadhi mfuatano wa nyukleotidi au protini pekee, ilhali FASTQ ni umbizo linalotegemea maandishi ambalo huhifadhi thamani za ubora wa mfuatano na mfuatano husika. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kuu kati ya FASTA na FASTQ. Zaidi ya hayo, FASTA huhifadhi vipande vya mfuatano baada ya kuchorwa, huku FASTQ huhifadhi vipande vya mfuatano kabla ya kuchora ramani. Kando na hilo, tofauti nyingine kati ya FASTA na FASTQ ni kwamba FASTA ina mstari mmoja wa maelezo, na FASTAQ ina mistari minne.
Tafografia iliyo hapa chini inawasilisha tofauti kati ya FASTA na FASTQ katika muundo wa jedwali kwa ulinganisho wa ubavu kwa upande.
Muhtasari – FASTA dhidi ya FASTQ
Bioinformatics hutumia miundo tofauti ya mfuatano kama vile FASTA na FASTQ, n.k. FASTA huhifadhi vipande vya mfuatano baada ya kuchorwa huku FASTQ huhifadhi vipande vya mfuatano kabla ya kuchora ramani. FASTA ni programu ya upatanishi ya DNA na mlolongo wa protini. Inajumuisha programu za protini:protini, DNA:DNA, protini:DNA iliyotafsiriwa (iliyo na viunzi), na utafutaji wa peptidi ulioagizwa au usio na mpangilio. FASTQ ni programu ya upatanishi inayotumika katika uwanja wa habari za kibayolojia na huhifadhi mfuatano wa kibayolojia (kawaida mfuatano wa nyukleotidi) na alama zake za ubora zinazolingana. FASTA ina mstari mmoja wa maelezo, na FASTQ ina mistari minne. Kwa hivyo, hii ni muhtasari wa tofauti kati ya FASTA na FASTQ.
