Tofauti kuu kati ya Coomassie na silver staining ni kwamba coomassie staining ni mbinu ya kutia rangi ya protini inayotumia rangi ya samawati inayong'aa sana, huku upakaji rangi wa sliver ni mbinu ya kutia rangi ya protini inayotumia rangi ya fedha.
Mtengano wa protini na utambuzi ni hatua muhimu katika uchanganuzi wa protini. Wanahitaji sifa ya protini ya juu-azimio baada ya electrophoresis ya gel. Kuna mbinu nyingi za uwekaji madoa ambazo ni pamoja na madoa tofauti kama vile rangi za anionic (bluu ya kung'aa ya coomassie), cations za chuma (imidazole-zinki), rangi ya fedha na rangi za fluorescent, nk. Wakati mwingine, uchunguzi wa mionzi unaweza pia kutumika. Uchaguzi wa mbinu ya kuchafua hutegemea unyenyekevu, upatikanaji wa vifaa vya kupiga picha kwenye maabara, nk.
Coomassie Staining ni nini?
Coomassie Madoa ni mbinu ya kutia madoa ya protini inayotumia doa zuri la buluu ya coomassie. Kwa ujumla inaitwa mbinu ya bluu ya coomassie. Rangi ya bluu ya Coomassie ni rangi ya anionic inayojulikana zaidi. Doa hili kwa kawaida hutia doa karibu protini zote zilizo na mstari mzuri wa upimaji kwa unyeti wa wastani. Madoa ya rangi ya samawati ya Coomassie hufunga bila mahususi kwa takriban protini zote. Kuna aina mbili tofauti za rangi ya samawati inayong'aa ya coomassie: R-250 na G-250. R-250 inatoa muda mfupi wa upakaji madoa, huku G-250 inapatikana katika uundaji nyeti zaidi na rafiki wa mazingira.
Kielelezo 01: Coomassie Madoa
Dhai za Coomassie ni maarufu sana katika tafiti za spectrometry na tafiti za kutambua protini. Zaidi ya hayo, doa la bio-safe coomassie ni uundaji usio hatari wa coomassie blue G-250 ambayo inapatikana sokoni kwa sasa. Faida ya uundaji huu ni kwamba inahitaji maji tu ya kuosha na kuzuia. Madoa ya coomassie yenye usalama wa mimea hutoa unyeti sawa na rangi ya samawati ya kawaida ya coomassie G-250 lakini bora zaidi kuliko doa la coomassie R-250. Zaidi ya hayo, ina itifaki rahisi na ya haraka zaidi ya kuweka madoa kuliko ile ya kawaida ya Coomassie blue G-250. Kikwazo cha rangi ya bluu ya coomassie ni kwamba ni nyeti kidogo ikilinganishwa na rangi ya fedha. Madoa ya rangi ya samawati ya Coomassie ni takriban mara 50 chini ya unyeti kuliko madoa ya fedha. Hata hivyo, kutokana na usahili wake katika kufunga, inapendekezwa katika tafiti nyingi.
Silver Staining ni nini?
Madoa ya fedha ni mbinu ya kutia rangi ya protini inayotumia doa la fedha. Madoa ya fedha hutumika kutia rangi gel za agarose na Polyacrylamide. Madoa ya fedha ya protini katika jeli ya agarose ilitengenezwa kwa mara ya kwanza mwaka wa 1973 na Kerenyi na Gallyas. Baadaye, ilichukuliwa kwa ajili ya protini katika gels Polyacrylamide ambayo hutumiwa katika SDS-PAGE. Hivi sasa, rangi ya fedha pia hutumiwa kutia DNA au RNA. Ili kuchafua gel, gel huingizwa na suluhisho la nitrate ya fedha kwa njia hii. Madoa ya fedha huchafua tovuti ambapo protini zipo kutoka kahawia hadi nyeusi.
Kielelezo 02: Madoa ya Fedha
Uzito wa madoa ya fedha hutegemea muundo msingi wa protini. Aidha, usafi wa vyombo vinavyotumiwa na usafi wa vitendanishi vinaweza pia kuathiri ubora wa uchafu wa fedha. Hata hivyo, hasara ya rangi ya fedha ni kwamba haiwezi kutambua protini zote, hasa glycoproteini na protini zilizo na vikundi vikubwa vilivyorekebishwa vilivyounganishwa kwenye minyororo yao ya upande.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya Coomassie na Silver Staining?
- Coomassie na rangi ya fedha ni mbinu mbili zinazotumika katika upakaji rangi ya protini.
- Zinaweza kuchafua protini na DNA.
- Mbinu zote mbili za upakaji madoa zina mapungufu.
- Mbinu hizi zina hatua zinazofanana, kama vile kurekebisha, kuweka madoa na kuzuia.
Kuna tofauti gani kati ya Coomassie na Silver Staining?
Coomassie Madoa ni mbinu ya kutia rangi ya protini inayotumia doa la buluu ya coomassie, ilhali upakaji rangi wa sliver ni mbinu ya kutia rangi ya protini inayotumia madoa ya fedha. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kuu kati ya Coomassie na madoa ya fedha. Zaidi ya hayo, rangi ya Coomassie si nyeti sana kuliko rangi ya fedha.
Infographic iliyo hapa chini inaorodhesha tofauti kati ya Coomassie na silver staining katika umbo la jedwali kwa ulinganisho wa kando.
Muhtasari – Coomassie vs Silver Staining
Ili kuona protini taswira, uunganishaji wa rangi maalum wa protini au utokezaji wa kemikali wa rangi unaweza kufanywa. Hii inaitwa uchafu wa protini. Coomassie na rangi ya fedha ni mbinu mbili zinazotumiwa katika upakaji wa protini. Mbinu ya uwekaji madoa ya Coomassie hutumia madoa ya samawati ya kung'aa huku utiririshaji wa utelezi ukitumia madoa ya fedha. Kwa hivyo, hii ndiyo tofauti kuu kati ya Coomassie na rangi ya fedha.
