Tofauti Muhimu – Blunt vs Sticky End Ligation
Endonuclease zenye kizuizi ni vimeng'enya maalum vinavyokata DNA yenye nyuzi mbili (dsDNA). Pia hujulikana kama mkasi wa molekuli katika biolojia ya Molekuli. Vimeng'enya vya kizuizi vinaweza kutambua mfuatano mahususi mfupi wa dsDNA unaojulikana kama tovuti za utambuzi na hupasua vifungo vya phosphodiester na hidrojeni ili kufungua nyuzi mbili. Kama matokeo ya kupasuka kwa vimeng'enya hivi, vipande vya DNA hutengenezwa kwa aina tofauti za ncha kama vile ncha za kunata na ncha butu. DNA ligase ni kimeng'enya kinachotumika katika baiolojia ya Molekuli kuunganisha nyuzi mbili zinazokaribiana za DNA kwa kutengeneza vifungo vipya. Hatua hiyo inajulikana kama kuunganisha na kulingana na aina ya mwisho wa DNA iliyounganishwa, inaweza kujulikana kama kuunganisha kwa ncha butu na kuunganisha mwisho kwa kunata. Tofauti kuu kati ya kuunganisha mwisho butu na kunata ni kwamba uunganishaji wa ncha butu hutokea kati ya vipande vya DNA ambavyo vina ncha mbili butu ilhali uunganishaji wa mwisho unaonata hutokea kati ya 5' na 3'. Ikilinganishwa na uunganishaji wa sehemu butu, uunganishaji unaonata ni mzuri zaidi na thabiti.
Blunt End Ligation ni nini?
Baadhi ya endonuclease zenye vizuizi zinaweza kukata DNA kwenye besi tofauti na kutoa vipande butu vya mwisho vya DNA. Vimeng'enya hivi hujulikana kama vikataji butu; hushikana chini moja kwa moja hadi katikati ya tovuti ya kizuizi bila kuacha besi moja zinazoning'inia. Ncha butu pia hujulikana kama ncha zisizo na kuning'inia kwani hazina besi 3' na 5' zinazoning'inia kwenye ncha. Kamba zote mbili huisha kutoka kwa jozi za msingi katika ncha butu. Vimeng'enya vya kawaida vya kukata mwisho butu ni EcoRV HaeIII, AluI na SmaI.
Mshikamano wa mwisho butu unahusishwa kati ya ncha mbili butu. Sio mshikamano wa besi zinazojitokeza. Ufungaji huu hauna ufanisi zaidi kuliko uunganishaji unaonata. Hata hivyo, katika baadhi ya matukio, ufungaji wa mwisho butu huwa na manufaa zaidi kuliko ufungaji wa mwisho unaonata, hasa wakati wa kuunganisha bidhaa za PCR. Bidhaa za PCR daima huzalishwa kwa ncha butu. Ufungaji wa mwisho butu hauhitaji ncha za ziada katika DNA ya kuunganisha.
Kielelezo 01: Uzalishaji butu wa Eco RV enzyme
Ligation ya Kushikamana ni nini?
Baadhi ya endonuclease zenye vizuizi zinaweza kukata dsDNA, na kuacha kipande kinachoning'inia cha DNA ya nyuzi moja mwishoni. Ncha hizi hujulikana kama ncha za kunata au zinazoning'inia. Ufungaji wa mwisho unaonata hutokea kati ya vipande viwili vya DNA ambavyo vina viambata vinavyolingana kwa sababu ncha zinazonata zina besi zisizooanishwa na zinahitaji besi za ziada ili kuunda vifungo. Kwa hivyo, ni muhimu kutumia kimeng'enya sawa cha kizuizi kwa vyanzo vyote viwili vya DNA ili kutoa vipande vya kuunganisha vinavyolingana.
Uunganishaji wa mwisho unaonata unafaa zaidi na mara nyingi huhitajika sana katika michakato ya uundaji. Kuna enzymes kadhaa za kizuizi ambazo hutoa ncha za kunata. Nazo ni EcoRI, BamHI, HindiIII n.k.
Kielelezo 02: Uzalishaji unaonata na kimeng'enya cha Eco RI
Kuna tofauti gani kati ya Blunt na Sticky End Ligation?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Mshikamano wa mwisho butu hutokea kati ya vipande viwili butu vya DNA. | Mshikamano wa mwisho wenye kunata hutokea kati ya vipande viwili vinavyolingana vya DNA vyenye ncha zinazonata. |
| Enzymes | |
| Wakataji butu hutoa ncha butu. | Vikata nata vya mwisho hutoa ncha zenye kunata au kushikamana. |
| Masharti ya Kulingana Mwisho | |
| Haihitaji vipande vinavyolingana au besi za ziada. | Inahitaji besi za ziada kwenye ncha ili kuunda jozi msingi. |
| Ufanisi | |
| Ina ufanisi mdogo kuliko uunganishaji nata | Ina ufanisi zaidi kuliko uunganishaji butu. |
Muhtasari – Blunt vs Sticky End Ligation
Endonuclease zenye vizuizi zinaweza kupasua dsDNA na kutoa vipande vya DNA vyenye ncha tofauti. Wanatambua mfuatano maalum na kuzuia DNA kuunda ncha zenye kunata na butu. Ncha za kunata zina besi ambazo hazijaoanishwa mwishoni mwa vipande. Ncha butu huundwa kwa sababu ya mpasuko ulionyooka na zina jozi za msingi kwenye miisho. Uunganishaji wa mwisho unaonata unahitaji vipande viwili vya ziada vya DNA ya nyuzi moja. Ufungaji wa mwisho butu hutokea kati ya vipande viwili vya mwisho butu. Hii ndiyo tofauti kati ya kuunganisha butu na kunata.
