Tofauti Muhimu – SYBR Green vs Taqman
SYBR Green na Taqman ni njia mbili zinazotumika kugundua au kutazama mchakato wa ukuzaji wa PCR ya wakati halisi. SYBR Green ni mbinu inayotokana na kuingiliana kwa rangi ya asidi ya nukleiki ilhali Taqman ni mbinu inayotegemea uchunguzi wa hidrolisisi. Teknolojia zote mbili zimeundwa kuzalisha fluorescence wakati wa PCR, ambayo inaruhusu mashine ya PCR ya muda halisi kufuatilia majibu katika "muda halisi". Mbinu ya SYBR ya Kijani hutekelezwa kwa kutumia rangi ya umeme inayoitwa SYBR kijani na hutambua ukuzaji kwa kufunga rangi kwenye DNA iliyoachwa mara mbili. Taqman inafanywa kwa kutumia vichunguzi vyenye lebo mbili na hugundua ukuzaji kwa uharibifu wa uchunguzi na Taq polymerase na kutolewa kwa fluorophore. Hii ndiyo tofauti kuu kati ya SYBR Green na Taqman.
SYBR Green ni nini?
SYBR Green ni rangi ya umeme inayotumiwa kutia doa asidi nucleiki, hasa DNA yenye mistari miwili katika Biolojia ya Molekuli. Mbinu ya Kijani ya SYBR inatumika kukadiria bidhaa za PCR wakati wa PCR ya wakati halisi. Mara tu inaposhikana na DNA, mchanganyiko wa rangi ya DNA hufyonza mwanga wa buluu na kutoa mwanga mwingi wa kijani kibichi. Hutokea kutokana na mabadiliko ya kimuundo yanayotokea kwenye molekuli ya rangi inapofungwa na DNA yenye nyuzi mbili. Wakati PCR inapounda DNA zaidi na zaidi, molekuli nyingi za rangi hufungana na DNA, na kuzalisha fluorescence zaidi. Kwa hiyo, fluorescence huongezeka na mkusanyiko wa bidhaa za PCR. Kwa hivyo, kiasi cha bidhaa ya PCR kinaweza kupimwa kwa wingi na SYBR Green fluorescence kugundua.
SYBR rangi ya kijani kibichi pia inaweza kutumika kuweka lebo za DNA katika saitoometri na hadubini ya fluorescent. Ethidium bromidi imebadilishwa kwa mafanikio na SYBR Green kwa kuwa Ethidium bromidi ni rangi ya kusababisha kansa yenye matatizo ya utupaji wakati wa kuona DNA kwenye jeli electrophoresis.
Kuna faida na hasara za njia ya kijani ya SYBR. Njia hii ni nyeti sana, ya bei nafuu na rahisi kutumia. Hata hivyo, kwa sababu ya uwezo wake wa kushikamana na DNA yoyote yenye nyuzi mbili, ufungaji usio maalum unaweza kusababisha ukadiriaji zaidi wa bidhaa ya PCR.
Kielelezo 01: SYBR Green Technique
Taqman ni nini?
Taqman ni mbinu mbadala ya SYBR Green ili kufuatilia mchakato wa PCR wa wakati halisi. Njia hii inategemea shughuli ya 5’ – 3’ ya exonuclease ya kimeng’enya cha Taq polymerase ili kuharibu probe wakati wa upanuzi wa uzi mpya na kutolewa kwa fluorophore. Vichunguzi vilivyo na lebo mbili hutumiwa kwa njia hii na inategemea hidrolisisi ya probes. Vichunguzi vinaitwa DNA oligonucleotidi za fluorescent yenye molekuli ya ripota wa fluorescent (fluorophore) katika mwisho wa 5' na molekuli ya kuzimisha mwisho wa 3'. Zimeundwa ili kujifunga kwenye kiolezo kimoja kilichokwama kwenye upande wa pili wa vianzo vya kwanza. Taq polymerase huongeza nyukleotidi kwenye kianzilishi na kupanua uzi mpya kuelekea vichunguzi vilivyo na lebo mbili. Pindi tu polima ya Taq inapokutana na uchunguzi, hatua ya exonuclease ya Taq polimerasi huwasha na kuharibu uchunguzi. Mara tu inapokamilisha usanisi wa strand mpya, uchunguzi unakabiliwa na uharibifu kamili na kutolewa kwa fluorophore. Kutolewa kwa fluorophore huzalisha fluorescence. Molekuli ya Fluorescent Quencher huzima mwanga unaotolewa kwa ufanisi na kuunda pato la kukadiria bidhaa ya PCR. Kutolewa kwa fluorophores na wingi wa bidhaa za PCR ni sawia. Kwa hivyo, ukadiriaji unaweza kufanywa kwa urahisi kwa mbinu ya Taqman.
Kielelezo 02: Mbinu ya Taqman
Mbinu ya Taqman inatumika katika muda halisi wa PCR, ukadiriaji wa usemi wa jeni, utambuzi wa upolimishaji wa kijeni, ukadiriaji wa ufutaji wa kromosomu ya DNA, utambulisho wa bakteria, uthibitishaji wa uchanganuzi wa safu ndogo ndogo, uchanganuzi wa muundo wa SNP n.k.
Kuna tofauti gani kati ya SYBR ya kijani na Taqman?
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green inategemea DNA inayofunga rangi. | Taqman inategemea uchunguzi wa mseto na 5’ hadi 3’ shughuli ya exonuclease ya Taq polymerase. |
| Uchunguzi Wenye Lebo ya Fluorescent | |
| Hakuna vichunguzi vyenye lebo ya fluorescent havihitajiki. | Uchunguzi wenye lebo mbili unahitajika. |
| Uchambuzi wa Jeni nyingi | |
| Haiwezi kutumika kwa malengo ya jeni nyingi. | Inaweza kutumika kwa malengo ya jeni nyingi. |
| Gharama | |
| Hii ni ghali kidogo. | Hii ni ghali zaidi. |
| Maalum | |
| Hii sio mahususi sana na inaambatana na DNA yoyote ya nyuzi mbili | Hizi ni mahususi kwa kuwa uchunguzi hugundua bidhaa mahususi za ukuzaji. |
| Ufanisi | |
| Hii haina ufanisi. | Hii ni nzuri sana. |
| Maombi | |
| Hii inatumika katika PCR ya wakati halisi, taswira ya jeli ya agarose, kuweka lebo za DNA n.k. | Hii inatumika katika wakati halisi wa PCR, ukadiriaji wa usemi wa jeni, utambuzi wa upolimishaji kijeni, n.k. |
Muhtasari – SYBR Green na Taqman
Taqman na SYBR kijani ni mbinu mbili zinazotumika katika PCR ya wakati halisi (PCR ya kiasi). Mbinu zote mbili huwezesha upimaji wa bidhaa ya PCR kwa ufanisi na hutegemea utoaji wa fluorescence. Mbinu ya Taqman hutumia uchunguzi wenye lebo mbili ili kugundua DNA iliyokusanywa huku mbinu ya SYBR Green inatumia rangi ya fluorescent. Mbinu hizi zote mbili pia zina matumizi tofauti katika baiolojia ya molekuli.
