Tofauti kuu kati ya helix-loop-helix na helix-turn-helix ni kwamba helix-loop-helix hupatanisha dimerization ya protini huku helix-turn-helix inadhibiti usemi wa jeni kupitia kuunganisha DNA.
Motifu ya protini ni mfuatano wa muda mfupi unaohusishwa na utendaji mahususi wa DNA. Inahusishwa hasa na tovuti maalum ya kimuundo yenye kemikali ya kipekee au kazi ya kibiolojia. Motifu hizi zina kanda ndogo za miundo ya pande tatu za amino asidi na molekuli tofauti za protini. Kawaida, motifs ya mtu binafsi huwa na vipengele vichache tu. Helix-loop-helix na helix-turn-hesi ina vipengele vitatu. Motifu zao za muundo wa protini ni pamoja na vitanzi vyenye urefu tofauti na miundo ambayo haijabainishwa.
Helix-Loop-Helix ni nini?
A helix-loop-helix (HLH) ni motifu ya muundo wa protini ambayo hufafanua mojawapo ya familia kubwa zaidi za vipengele vya unukuzi vinavyopunguza thamani. Vipengele hivi vya unukuzi vina mabaki ya asidi ya amino ili kuwezesha utaratibu wa kuunganisha DNA, na ni dimeric. Motifu ya muundo wa protini ina α-heli mbili, na zimeunganishwa na kitanzi. Helix moja inaonekana ndogo kutoka kwa helix mbili, na kubadilika kwa kitanzi huruhusu dimerization kwa kufunga na kukunja dhidi ya hesi nyingine. Hesi inayoonekana kuwa kubwa kwa kawaida huwa na sehemu zinazofunga DNA. Protini za HLH hufungamana kwa mfuatano wa makubaliano unaojulikana kama E-box. Mfuatano wa makubaliano ni mpangilio uliokokotolewa ulio na mabaki ya nyukleotidi au asidi ya amino. E-box ni kipengele kinachojibu DNA katika baadhi ya yukariyoti ambacho hufanya kazi kama tovuti inayofunga protini na kudhibiti usemi wa jeni.
Kielelezo 01: motif ya Helix-loop-helix
Vigezo vya unukuzi vya HLH ni muhimu kwa maendeleo na shughuli za seli. Protini za HLH ni za vikundi sita, ambavyo vimeonyeshwa kutoka kwa herufi A hadi F. Vipengele vya unukuzi vilivyojumuishwa katika kila kikundi ni:
Kundi A: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD, na Neurogenins, kundi B: MAX, C-Myc, N-Myc, na TCF4
Kundi C: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3, na MOP5
Kundi D; EMC
Kundi E: HEY1 na HEY2
Kundi F: EBF1
Kwa kuwa vipengele vingi vya unukuzi vya HLH ni heterodimeric, dimerization mara nyingi hudhibiti.
Helix-Turn-Helix ni nini?
Helix-turn-helix (HTH) ni motifu ya muundo wa protini ambayo inaweza kuunganisha DNA. Kila monoma imepangwa na α-heli mbili na inaunganishwa na kamba fupi ya asidi ya amino. Hii inafunga kwa groove katika helix ya DNA. Motifu za HTH kawaida hudhibiti usemi wa jeni. Utambuzi wa HTH na kufunga kwa DNA hufanywa na heli α mbili. Hesi moja inakaa mwisho wa N-terminal wakati nyingine iko kwenye C-terminus. Katika hali nyingi, helix hubeba utambuzi wa DNA. Kwa hivyo, inajulikana kama helix ya utambuzi. Kufunga kwa kijito katika DNA hufanyika kupitia mfululizo wa mwingiliano wa Van der Waals na vifungo vya hidrojeni na besi zimefunuliwa. α-hesi nyingine hutubia mwingiliano wa protini na DNA na haina jukumu kubwa katika utambuzi. Hata hivyo, hesi ya utambuzi na hesi iliyobaki ina mwelekeo sawa.
Kielelezo 02: Helix-turn-helix ya familia ya TetR
HTH imeainishwa kulingana na muundo na mipangilio ya anga ya helikopta. Aina kuu ni di-helical, tri-helical, tetra-helical, na HTH yenye mabawa. Aina ya Di-helical ni aina rahisi zaidi yenye helis mbili na kikoa cha protini cha kujikunja kinachojitegemea. Aina ya helical tatu inapatikana katika kiwezeshaji cha maandishi Myb. Aina ya tetra-helical ina hesi ya ziada ya C-terminal. Hatimaye, HTH yenye mabawa inaundwa na 3- helical bundle na 3- au 4- laha beta.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya Helix-Loop-Helix na Helix-Turn-Helix?
- Helix-loop-helix na helix-turn-helix ni motifu za muundo wa protini.
- Zote mbili zina kiashiria cha kawaida katika basal na vipengele mahususi vya unukuzi.
- Zipo kwenye yukariyoti.
Kuna tofauti gani kati ya Helix-Loop-Helix na Helix-Turn-Helix?
Helix-loop-helix hupatanisha upunguzaji wa protini, ilhali helix-turn-helix hudhibiti usemi wa jeni kupitia kuunganisha DNA. Kwa hivyo, hii ndiyo tofauti kuu kati ya helix-loop-helix na helix-turn-helix. Kando na hilo, HLH ina proto-onkojeni na jeni fulani zinazohusika katika utofautishaji wa vipengele vya unukuzi vya usimbaji ilhali HTH ina jeni nyingi za kinyumbani ambazo huweka msimbo wa sababu za unukuzi. Zaidi ya hayo, helix-loop-helix hujumuisha hasa heli za alpha zilizounganishwa na kitanzi, huku helix-turn-helix hasa hujumuisha vitanzi vilivyounganishwa na kisima kifupi cha asidi-amino kutengeneza kijiti.
Infografia iliyo hapa chini inawasilisha tofauti kati ya helix-loop-helix na helix-turn-helix katika umbo la jedwali kwa ulinganishi wa ubavu.
Muhtasari – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
Motifu ya protini ni mfuatano wa muda mfupi unaohusishwa na utendaji mahususi wa DNA. Helix-loop-helix na helix-turn-hesi ni aina mbili za motif za muundo wa protini. Tofauti kuu kati ya helix-loop-helix na helix-turn-helix ni kwamba helix-loop-helix hupatanisha upunguzaji wa protini, ilhali helix-turn-helix inadhibiti usemi wa jeni kupitia kuunganisha DNA. HLH ni motifu ya muundo wa protini ambayo hufafanua mojawapo ya familia kubwa zaidi za vipengele vya unukuzi vinavyopunguza thamani. Motifu ya muundo wa protini ina α-heli mbili, na zimeunganishwa na kitanzi. HTH ni motifu ya muundo wa protini ambayo ina uwezo wa kufunga DNA. Kila monoma imepangwa na α-heli mbili, na inaunganishwa na uzi mfupi wa asidi ya amino na hufunga kwenye kijito katika hesi ya DNA. Kwa hivyo, hii ni muhtasari wa tofauti kati ya helix-loop-helix na helix-turn-helix.
