Tofauti Muhimu – Tafsiri ya Nick dhidi ya Kiendelezi cha Msingi
Tafsiri ya Nick na kiendelezi cha kwanza ni mbinu mbili muhimu zinazotekelezwa katika baiolojia ya Molekuli. Tofauti kuu kati ya tafsiri ya nick na kiendelezi cha kwanza ni kwamba mchakato wa tafsiri ya nick hutoa uchunguzi ulio na lebo kwa mbinu zingine za mseto ilhali mbinu ya upanuzi wa primer hubainisha mlolongo mahususi wa RNA kutoka kwa mchanganyiko na kufichua maelezo kuhusu usemi wa mRNA. Mbinu zote mbili zina umuhimu mkubwa na hutekelezwa mara kwa mara katika maabara za utafiti wa molekuli.
Nini Tafsiri ya Nick?
Tafsiri ya Nick ni mbinu muhimu inayotumiwa kuandaa uchunguzi ulio na lebo kwa mbinu mbalimbali za kibayolojia za molekuli kama vile blotting, in situ hybridization, fluorescent in situ hybridization n.k. Ni njia ya in vitro ya kuweka lebo ya DNA. Vichunguzi vya DNA hutumiwa kutambua mfuatano maalum wa DNA au RNA. Kwa msaada wa uchunguzi unaoitwa, vipande maalum vinaweza kuashiria au kuonekana kutoka kwa mchanganyiko tata wa asidi ya nucleic. Kwa hiyo, probe zilizo na lebo hutayarishwa kwa kutumia mbinu mbalimbali za kutumika kwa mbinu tofauti. Utafsiri wa Nick ni mojawapo ya mbinu hizo ambayo hutoa uchunguzi wenye lebo kwa usaidizi wa vimeng'enya vya DNase 1 na DNA polymerase 1.
Mchakato wa tafsiri ya utani huanza na shughuli ya kimeng'enya cha DNase 1. DNase 1 inatanguliza nick katika uti wa mgongo wa fosfeti wa DNA iliyokwama mara mbili kwa kukata vifungo vya phosphodiester kati ya nyukleotidi. Mara tu nick inapoundwa bila malipo 3’ OH kikundi cha nyukleotidi kitatolewa na kimeng’enya cha DNA polymerase 1 kitaifanyia kazi. 5’ hadi 3’ shughuli ya exonuclease ya DNA polymerase 1 huondoa nyukleotidi kutoka kwenye niko kuelekea mwelekeo wa 3’ wa uzi wa DNA. Wakati huo huo, shughuli ya polimerasi ya kimeng'enya cha DNA polymerase 1 hufanya kazi na kuongeza nyukleotidi kuchukua nafasi ya nyukleotidi zilizoondolewa. Ikiwa nyukleotidi ziliwekwa alama, uingizwaji utatokea kwa nyukleotidi zilizo na alama na itaashiria DNA kwa utambulisho. DNA hii mpya iliyosanisishwa inaweza kutumika kama uchunguzi katika athari mbalimbali za mseto katika Biolojia ya Molekuli.
Kielelezo 01: Mchakato wa kutafsiri Nick
Primer Extension ni nini?
Primer extension ni mbinu ambayo hutumiwa kupata mfuatano mahususi wa RNA kutoka kwa mchanganyiko wa RNA na kupata mwisho wa 5' wa manukuu ya mRNA. Pia hutumiwa kusoma muundo wa RNA na usemi. Njia ya upanuzi wa primer inafanywa kwa primers iliyoandikwa au kwa nucleotides iliyoandikwa. Ikiwa vianzio vilivyo na lebo vitatumika, haijumuishi hitaji la kuweka lebo kwenye nyukleotidi ambazo hutumika kwa usanisi wa cDNA. Kuna hatua kadhaa katika mbinu hii. Huanza na uchimbaji wa RNA kutoka kwa sampuli. Kisha primer iliyoandikwa ya oligonucleotide huongezwa kwenye mchanganyiko pamoja na viungo muhimu ili kuunganisha cDNA ya mlolongo maalum wa RNA. Primer anneals na mlolongo wa ziada kutoka kwa mchanganyiko. Kwa kutumia mfuatano wa kianzilishi uliowekwa kama kiolezo, kimeng'enya cha reverse transcriptase huunganisha DNA ya ziada (cDNA) ya mfuatano wa RNA. Unukuzi wa kwanza na unukuzi wa kinyume hutokea tu wakati mfuatano mahususi wa RNA upo kwenye sampuli. Hatimaye, wakati denaturing gel electrophoresis inafanywa, ukubwa wa mlolongo wa RNA unaweza kuamua. Pia ni rahisi kupata msingi wa +1 wa mRNA (tovuti ya unukuzi) kwa kutumia mbinu ya kiendelezi cha kitangulizi. Kiasi cha mRNA kilichopo kwenye sampuli kinaweza kuhesabiwa kwa njia hii ikiwa kitangulizi cha ziada kitatumika.
Kielelezo 02: Kiendelezi cha kwanza
Kuna tofauti gani kati ya Nick Translation na Primer Extension?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Tafsiri ya Nick ni mchakato ambao huunda uchunguzi wa DNA ulio na lebo kwa athari mbalimbali za mseto. | Primer extension ni mbinu inayotumiwa kupata RNA mahususi au kuchunguza usemi wa jeni. |
| Enzymes Zimetumika | |
| DNase 1 na vimeng'enya vya DNA polymerase vinatumika. | Enzyme ya reverse transcriptase inatumika. |
| Umuhimu | |
| Tafsiri ya Nick hurahisisha uwekaji alama wa mfuatano mahususi wa DNA. | Kiendelezi cha Primer huwezesha ugunduzi wa saizi mahususi ya mfuatano wa mRNA na kiasi kilichopo kwenye sampuli. |
Muhtasari – Tafsiri ya Nick dhidi ya Kiendelezi cha Msingi
Tafsiri ya Nick ni mbinu inayotumiwa kuunganisha uchunguzi ulio na lebo kulingana na shughuli za vimeng'enya vya DNase 1 na E coli DNA polymerase 1. Ni njia ya ndani iliyotumika katika maabara kabla ya mbinu tofauti za mseto. Wakati wa tafsiri ya utani, shughuli ya 5’-3’ exonuclease ya DNA polymerase 1 huondoa nyukleotidi kabla ya shughuli ya nick na polymerase ya DNA polymerase 1 inachukua nafasi ya nyukleotidi zilizoondolewa na nyukleotidi zilizo na lebo nyuma ya nick. Primer extension ni njia ambayo hutumiwa kutambua nakala mahususi ya RNA kutoka kwa mchanganyiko na kubainisha ukubwa na kiasi cha riba ya RNA. Hii ndiyo tofauti kati ya tafsiri ya nick na kiendelezi cha kwanza.
