Tofauti kuu kati ya mpangilio wa kidaraja na upangaji bunduki mzima wa jenomu ni kwamba katika mpangilio wa ngazi za juu wa bunduki, jenomu hugawanywa katika vipande vikubwa kabla ya mpangilio huku, katika mpangilio mzima wa bunduki ya jenomu, jenomu nzima hugawanywa katika vipande vidogo ili kupanga mfuatano..
Mfuatano ni mbinu muhimu katika michakato ya molekuli, hasa katika utambuzi sahihi wa spishi. Kwa kweli, ni mbinu ya kutambua utaratibu sahihi wa nyukleotidi katika jeni au genome. Kuna mbinu nyingi za mpangilio. Baadhi ya hizi ni pamoja na Maxam Gilbert Method, Sanger Method na njia ya kiotomatiki ya Sanger.
Mfuatano wa Risasi wa Kihierarkia ni nini?
Mfuatano wa Kitaaluma wa Shotgun ni mbinu mojawapo ya mpangilio. Pia inaitwa 'kufuatana juu-chini'. Zaidi ya hayo, njia hii ina hatua mbili: hatua ya kwanza ni ukuzaji wa genome, na hatua ya pili ni kugawanyika kwa genome. Kwa njia hii, jenomu hukatwa vipande vipande kwanza. Inafuatiwa na uundaji wa vipande hivi vikubwa katika majeshi mbalimbali kwa kutumia vekta au chromosomes bandia. Kisha, vekta hizi zinazojumuisha hupangwa kwenye maktaba. Wakati wa mpangilio wa bunduki, clones za vekta recombinant hupitia mpangilio mmoja mmoja. Vipande vilivyo kwenye clones hupitia usagaji wa vizuizi ili kupunguza zaidi ukubwa wa jenomu, na hivyo kufanyiwa mfuatano.
Kielelezo 01: Mfuatano wa Hierarchical Shotgun
Wakati wa mpangilio wa viwango vya bunduki, vipande vikubwa vya vipande vinapaswa kupangwa kwa mpangilio, kabla ya mpangilio wa bunduki. Hufanyika kwa usaidizi wa vialamisho vya molekuli ambavyo hujumuishwa wakati wa mchakato wa kuiga.
Mpangilio wa daraja la bunduki hutengeneza ramani ya jeni yenye msongo wa chini. Lakini huunda ramani ya mlolongo iliyoagizwa. Kwa hivyo, inachukua muda mrefu zaidi kuliko mpangilio wa moja kwa moja. Mchakato wote unacheleweshwa kwa sababu ya kuunda maktaba ya vekta inayojumuisha. Je, pia ni mbinu inayohitaji nguvu kazi kubwa. Hata hivyo, kwa sasa, mbinu hiyo imejiendesha otomatiki ili kurahisisha kazi.
Mfuatano wa Shotgun Nzima wa Genome ni nini?
Upangaji bunduki mzima wa jenomu ni mchakato wa kupanga hatua moja. Katika mchakato huu, ukata mzima wa jenomu hufanyika kwanza. Kufuatia hili, kila moja ya vipande hivi vidogo hupitia mfuatano nasibu. Baada ya kukamilika kwa mpangilio, uchambuzi wa mlolongo hufanyika. Wakati wa uchambuzi wa mlolongo, mfuatano unaoingiliana huondolewa, na uchanganuzi sio mchakato ulioagizwa. Kwa hivyo, mkusanyiko wa mlolongo ni mchakato usio na ufanisi zaidi kwa kulinganisha na mpangilio wa bunduki wa kihierarkia. Hata hivyo, mchakato wa mpangilio mzima wa bunduki ya jenomu ni wa haraka zaidi, na uchanganuzi wa jenomu nzima unaweza kufanyika kwa tukio moja.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya Mpangilio wa Kihierarkia na Mfuatano wa Shotgun Nzima wa Genome?
- Mfuatano wa viwango na upangaji bunduki wa jenomu nzima ni mbinu mbili za mfuatano.
- Zote mbili hupitia mpangilio wa Sanger au mbinu za mpangilio otomatiki za Sanger.
- Wanahusika katika kupanga mfuatano wa vipande vya DNA na RNA.
- Aidha, mbinu zote mbili ni muhimu katika uchunguzi wa molekuli na madhumuni ya utafiti.
- Kwa sasa, mbinu zote mbili ni za kiotomatiki au zinatokana na kompyuta.
- Mbinu zote mbili zinategemea mgawanyiko wa jenomu.
Kuna tofauti gani kati ya Mfuatano wa Kihierarkia na Mfuatano wa Shotgun Nzima wa Genome?
€ Kwa hivyo, hii ndiyo tofauti kuu kati ya mpangilio wa kidaraja na mfuatano mzima wa bunduki ya jenomu. Kando na hilo, mpangilio wa kidaraja wa upangaji wa bunduki una hatua mbili kuu, huku mpangilio wa shotgun ya genome nzima unategemea hatua moja kuu.
Zaidi ya hayo, tofauti nyingine kati ya mpangilio wa daraja la juu na upangaji bunduki mzima wa jenomu ni kwamba azimio ni kubwa zaidi katika mpangilio wa shotgun ya genome nzima ikilinganishwa na mpangilio wa daraja la bunduki.
Infografia iliyo hapa chini ni muhtasari wa tofauti kati ya mpangilio wa viwango vya juu na upangaji bunduki mzima wa jenomu.
Muhtasari – Kihierarkia dhidi ya Mfuatano wa Shotgun Nzima wa Genome
Mfuatano wa viwango vya juu na wa jenomu zima ni mbinu mbili za kupanga jenomu kubwa. Mfuatano wa daraja la bunduki ni mchakato wa hatua mbili wa kupanga ambapo jenomu imevunjwa katika vipande vikubwa zaidi. Kinyume chake, mpangilio wa bunduki ya jenomu nzima ni mfuatano wa hatua moja ambapo jenomu huvunjwa katika vipande vidogo na kupangwa moja kwa moja. Kwa hivyo, hii ndiyo tofauti kuu kati ya mpangilio wa kidaraja na mfuatano mzima wa bunduki ya jenomu. Aidha, vipengele vya kiufundi vinaweza kutofautiana kati ya mbinu hizi mbili.
