Tofauti kuu kati ya mpangilio wa clone kwa clone na upangaji wa shotgun iko katika mbinu zao za utendaji. Mbinu ya upangaji wa kromosomu inahusisha upangaji ramani ya kromosomu na upangaji kabla ya mpangilio huku upangaji kwa kutumia bunduki huacha upangaji ramani wa kromosomu na upangaji wa hatua wakati wa upangaji.
Mfuatano wa mfuatano wa clone na upangaji wa mpangilio wa bunduki ni mbinu mbili za mpangilio wa jenomu za kisasa. Mpangilio wa Clone kwa clone ni njia ya kuaminika zaidi ya mpangilio. Hata hivyo, njia ya clone kwa mlolongo wa shotgun ni kasi na nafuu. Makala yanaangazia tofauti ndogo kati ya upangaji wa clone na mpangilio wa bunduki.
Clone by Clone Sequencing ni nini?
Clone by clone sequencing ni mbinu ya kupanga jenomu. Inahitaji kuchorwa kwa kila kromosomu kabla ya kugawanyika kwa DNA. Baada ya kuchora ramani, DNA inapaswa kugawanywa katika vipande vya urefu wa kilobase 150. Vipande hivi basi viko tayari kwa mpangilio. Hatua inayofuata ni kuingizwa kwa vipande vya DNA kwenye Chromosomes Bandia ya Bakteria (BACs) na kisha kwenye seli za bakteria. Kwa kuwa vipande hivyo sasa viko ndani ya chembe za bakteria, kila wakati bakteria zinapogawanyika, vipande vya DNA vilivyoingizwa pia hugawanyika na kutoa nakala nyingi zinazofanana. Kisha, DNA ya clone ya bakteria hugawanywa katika vipande 500 vya msingi vya muda mrefu. Ni vipande vidogo na vinavyoingiliana. Kisha, mfuatano unafanyika kwa kuingizwa kwa vipande hivi kwenye vekta na mlolongo unaojulikana wa DNA. Kuanzia mfuatano unaojulikana wa vekta, upangaji unaendelea hadi mfuatano usiojulikana.
Baada ya kumaliza mpangilio, ni muhimu kutambua maeneo ya mfuatano unaopishana. Baada ya hapo, kuunganishwa kwa vipande hufanyika ili kuunda vipande vikubwa vilivyowasilishwa hapo awali katika BACs. Kisha, mkusanyiko wa vipande vikubwa zaidi kwenye kromosomu hufanyika kulingana na ramani ya jenomu.
Kielelezo 01: Kufuatana kwa Kufuatana na Mpangilio wa Kishirika
Faida kubwa ya upangaji wa mfuatano wa clone ni kwamba ramani ya jenomu iliyotayarishwa awali husaidia mkusanyiko unaotegemeka wa vipande vikubwa zaidi. Lakini, ubaya wa njia hii ya mpangilio ni kwamba inachukua muda kutengeneza ramani za jenomu na kutengeneza clones. Hata hivyo, hii ndiyo njia iliyopendekezwa wakati wa ‘Mradi wa Jeni la Mwanadamu’.
Clone by Shotgun Sequencing ni nini?
Mfuatano wa Clone by shotgun ni mbinu ya kupanga ambayo hutenganisha nasibu mifuatano ya DNA katika vipande vingi vidogo na kuunganisha upya mfuatano kwa kuchunguza maeneo yanayopishana. Jenomu kubwa za mamalia ni vigumu kufananisha mlolongo na kukusanyika. Ni kwa sababu ya ugumu wao wa muundo na saizi. Ijapokuwa njia ya upangaji wa mfuatano wa kloni ni ya kutegemewa, inachukua muda mrefu kupanga jenomu za viumbe changamano. Kwa hivyo, mpangilio wa clone kwa bunduki imekuwa njia ya kuaminika ya mpangilio wa bei rahisi ambayo inaweza kufanywa haraka. Kwa hivyo, wanasayansi wa kisasa wanategemea mbinu hii ya mfuatano ili kukabiliana na jenomu changamano.
Kielelezo 02: Kufuatana na Shotgun
Wakati wa mbinu ya kupanga kwa kutumia bunduki, hakuna ramani ya kawaida ya jenomu na hatua za uundaji zinazofanyika. Hapo awali, jenomu nzima imegawanywa katika ukubwa tofauti kutoka kilobase 20 hadi kilobases 300. Ifuatayo, mlolongo unafanyika. Kisha, kwa kutumia programu ya kisasa ya kompyuta, ni muhimu kuunganisha vipande kwa kuangalia maeneo yanayopishana.
Mfuatano wa Clone by shotgun husaidia kuboresha usahihi wa mfuatano uliopo wa jenomu. Faida kuu ya njia hii ni kwamba ni ya haraka sana na ya gharama nafuu kuliko njia ya mpangilio wa clone. Walakini, mchakato huu hauhusishi utumiaji wa ramani ya maumbile. Kwa hivyo, makosa wakati wa kusanyiko yana uwezekano mkubwa wa kutokea. Kwa hivyo, hii ni hasara kubwa katika mbinu ya mpangilio wa clone kwa shotgun.
Je, Kuna Ufanano Gani Kati ya Clone by Clone Sequencing na Shotgun Sequencing?
- Mfuatano wa clone kwa clone na upangaji bunduki ni mbinu mbili za mpangilio wa jenomu.
- Wakati wa mbinu zote mbili za mpangilio, uunganishaji wa vipande vilivyovunjika hufanyika kwa kutambua maeneo yaliyopishana.
- Pia, mgawanyiko wa DNA katika vipande vidogo ni muhimu kwa mpangilio wa clone na shotgun.
Kuna tofauti gani kati ya Mipangilio ya Clone by Clone na Mifuatano ya Shotgun?
Mbinu ya upangaji mpangilio wa clone inahusisha hatua mbili kuu: uchoraji wa kromosomu na uundaji wa klomosomu. Kinyume chake, mpangilio wa mpangilio kwa bunduki haufuati hatua hizi mbili; inagawanya mfuatano wa DNA kwa nasibu katika vipande vingi vidogo na kuunganisha tena mfuatano huo kwa kutazama sehemu zinazopishana. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kuu kati ya mpangilio wa clone na mpangilio wa bunduki. Kutokana na sababu hii, mpangilio wa clone kwa clone ni mchakato ghali na unaotumia muda mwingi huku upangaji wa clone kwa shotgun ni wa haraka na wa bei nafuu.
Hata hivyo, hitilafu wakati wa kuunganisha kuna uwezekano mdogo wa kutokea wakati wa upangaji wa kloni. Kwa hivyo, ina kuegemea juu. Hata hivyo, mpangilio kwa kutumia bunduki ni mbinu isiyotegemewa sana. Kwa hivyo, hii pia ni tofauti kubwa kati ya mfuatano wa clone na mpangilio wa bunduki.
Mchoro wa maelezo ulio hapa chini unawasilisha maelezo zaidi kuhusu tofauti kati ya mfuatano kwa mpangilio wa mfuatano na mpangilio wa bunduki.
Muhtasari – Clone by Clone Sequencing vs Shotgun Sequencing
Katika muhtasari wa tofauti kati ya mpangilio wa clone kwa clone na upangaji wa bunduki ya risasi, mpangilio wa clone kwa clone na upangaji wa bunduki ni mbinu mbili za mpangilio wa jenomu. Hata hivyo, mbinu ya upangaji wa mfuatano wa clone inahusisha upangaji ramani ya jenomu na michakato ya uundaji wa uundaji ilhali upangaji wa upangaji wa bunduki haufanyi hivyo. Kwa hivyo, hii ndio tofauti kuu kati ya mpangilio wa clone na mpangilio wa bunduki. Kwa kuwa uchoraji wa ramani ya jenomu hufanyika wakati wa upangaji wa mfuatano wa clone, kuna uwezekano mdogo wa makosa kutokea wakati wa mkusanyiko wa mfuatano. Lakini, mpangilio kwa kutumia bunduki ni mchakato wa haraka zaidi na wa bei nafuu. Hata hivyo, kwa kulinganisha ni chini ya kuaminika. Ufuataji wa mpangilio kwa njia ya mfuatano ulikuwa njia iliyopendekezwa ya upangaji wakati wa 'Mradi wa Jeni la Mwanadamu'. Lakini, mwanabiolojia wa kisasa wa molekuli anategemea zaidi clone kwa mpangilio wa bunduki.
